求助水分子在通道蛋白内扩散的问题

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2023-5-9 09:38:01

模拟一个通道蛋白在DPPC之间，通道内水的扩散性质。用charmm-GUI生成膜蛋白体系，平衡模拟1ns的NPT过程。在0.4ns左右水分子开始进入管道，但是经常在管道内出不去，另外由于两边都有水，两边的水分子都会进入管道，好像会堵塞，管道口可以类似于3Ax10A的长方形。

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-9 20:16:40

1ns会不会太短？延长模拟时间看看？

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2023-5-10 10:41:46

萌新杨同学发表于 2023-5-9 20:16
1ns会不会太短？延长模拟时间看看？

好的，关于这个体系请问您知道如何计算自由能吗，是要把水和管子算结合自由能吗？还是直接算管子结构的，如果方便的话能大概和我说一下流程思路啥的吗，非常感谢！

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[GROMACS] 求助水分子在通道蛋白内扩散的问题