molclus调用xtb进行构象搜索失败的问题

pleasant1789 · 发表于 Post on 2019-10-23 16:54:42

本帖最后由 pleasant1789 于 2019-10-23 18:03 编辑

我是把下载的molclus和xtb解压缩xtb是从https://github.com/grimme-lab/xtb/releases里下载的

xtb-190828.tar.xz
然后编辑了用户目录下的.bashrc文件，加入了此语句：source /路径/Config_xtb_env.bash。
用molculs里的gentor产生了traj.xyz文件

然后用molculs运行的时候提示(对每个configuration都是这么提示的，这里贴出其中一段

*** Configuration 31  ***
Current date: 2019-10-23 Time: 16:42:41
Loading geometry       31 from traj.xyz
Checking geometry...
Generating xtb.xyz file...
Running xtb: "/路径/bin/xtb" xtb.xyz  --opt
--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
FATAL: kernel too old
sh: line 1: 85669 Segmentation fault    (core dumped) "/路径/bin/xtb" xtb.xyz --opt --gfn 1 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
Cannot found .xtboptok, the task may be failed
Wall clock time elapsed in this cycle:    0s
不知道是哪里出了问题？是说缺少.xtboptok这个文件的意思？但是这个文件在xtb-190828.tar.xz压缩包里没有

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-10-23 17:26:11

本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-10-23 20:56 编辑

<s>"the task may be failed"</s>

pleasant1789 · 发表于 Post on 2019-10-23 17:51:26

本帖最后由 pleasant1789 于 2019-10-23 18:02 编辑

liyuanhe211 发表于 2019-10-23 17:26
"the task may be failed"

这个是失败描述，但是失败的原因是前面那句吧……就是Cannot found .xtboptok，所以是不知道该如何解决这个问题？
另外更靠前的一句提到“ kernel too old”，但是这个已经是最新的版本了，另外还有一个xtb-190828_old_kernel.tar.xz，跟这个版本不知道是否有关？

ps：我用xtboptok关键字在论坛里搜索了一下没有看到相关帖子……

用find命令也找了一下xtb文件夹里的.xtboptok，没有找到这个文件

snljty · 发表于 Post on 2019-10-23 18:29:01

FATAL: kernel too old指的是系统内核文件版本吧，比如glibc之类的，您的操作系统版本是什么呀？不过我不清楚fortran和glibc有没有关系。

chrinide · 发表于 Post on 2019-10-23 19:31:01

下载old kernel的版本用，应该就可以了

pleasant1789 · 发表于 Post on 2019-10-23 22:14:03

chrinide 发表于 2019-10-23 19:31
下载old kernel的版本用，应该就可以了

我换成xtb-190828_old_kernel.tar.xz这次成功了
非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-24 06:35:08

凡是molclus调用某程序做搜索前，应当手动确保当前机子里能用这个程序顺利跑完一个标准的任务

leen090729 · 发表于 Post on 2020-4-12 10:37:11

本帖最后由 leen090729 于 2020-4-12 10:46 编辑

老师好，我也遇到了类似的问题，但是我用xtb优化单个结构是没问题的，跑MD也得到了不同的构象，但是用molclus调用xtb优化构象结构的时候出现了类似的报错，不知道问题出在哪，望老师给予解答，谢谢。
Current date: 2020-04-12 Time: 08:29:46
Loading geometry    1996 from the inputted geometry file
Generating xtb.xyz file...
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for this configuration:    0s

leen090729 · 发表于 Post on 2020-4-12 10:45:43

已经找到原因了，我这个版本的xtb不支持gfn 0，换成gfn 2就可以了，谢谢

Hanz · 发表于 Post on 2020-11-4 08:37:24

本帖最后由 Hanz 于 2020-11-4 10:24 编辑

leen090729 发表于 2020-4-12 10:45
已经找到原因了，我这个版本的xtb不支持gfn 0，换成gfn 2就可以了，谢谢

您好！我也遇到了这样的问题，XTB跑分子动力学可以正常结束，但是在molclus调用xtb进行优化的时候，就会在成功优化一些构象之后出现这样的问题，GFN 0, GFN 1和GFN 2都会出现这样，我用的是xtb-6.3.1和xtb-6.3.3，xtb-200709-old-kernel也不行，请问您后来用的哪个版本？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-4 12:43:58

Hanz 发表于 2020-11-4 08:37
您好！我也遇到了这样的问题，XTB跑分子动力学可以正常结束，但是在molclus调用xtb进行优化的时候，就会 ...

是只出现了the task may be failed，还是FATAL: kernel too old也出现了？

Hanz · 发表于 Post on 2020-11-4 13:54:09

本帖最后由 Hanz 于 2020-11-4 14:13 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-4 12:43
是只出现了the task may be failed，还是FATAL: kernel too old也出现了？

没有出现FATAL: kernel too old

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-4 15:05:55

Hanz 发表于 2020-11-4 13:54
没有出现FATAL: kernel too old

错误信息已经写得很清楚了，读取traj.xyz遇到了I/O错误，所以你应该检查traj.xyz。
估计是结构跑散了，坐标数值太大，数字溢出了

Hanz · 发表于 Post on 2020-11-4 15:34:38

wzkchem5 发表于 2020-11-4 15:05
错误信息已经写得很清楚了，读取traj.xyz遇到了I/O错误，所以你应该检查traj.xyz。
估计是结构跑散了， ...

刚才用VMD看了轨迹，确实是结构跑偏了！麻烦问下老师再跑动力学的时候该调整什么参数？目前的是temp= 400，time=100.0, dump= 50.0, step=1.0, hmass=1, shake=1, 这个是学习论坛里sob老师对瑞德西韦进行构象搜索的参数。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-4 15:54:04

Hanz 发表于 2020-11-4 15:34
刚才用VMD看了轨迹，确实是结构跑偏了！麻烦问下老师再跑动力学的时候该调整什么参数？目前的是temp= 400 ...

你的分子体系是非共价复合物吗？
可以考虑降低温度，减少跑散的概率。更好的办法是加个盒子，让分子跑散到一定距离后会撞到器壁弹回来，我忘了xtb自己支持不支持这个了，但是如果把xtb接到orca里肯定是支持的。

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