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[GROMACS] GROMACS模拟甘油酯界面该如何选取分子力场

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我想做一个甘油三酯和水的两相界面,看一些胆固醇、甾醇类物质和脂肪酸的分布。要模拟的甘油酯包括三丁酸甘油酯、三辛酸甘油酯、三油酸甘油酯和一些二甘酯,分子。我的问题是:1.我是应该采用Slipids分子力场进行模拟,还是使用GAFF分子力场进行模拟,或者使用charmm36力场?2.对于甘油酯分子是否有必要讨论其不同的构象,如三叉戟、叉式、椅式、T式构象?



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发表于 Post on 2023-5-14 19:24:25 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于GAFF的拓扑文件

那些构象是做MD之后分析轨迹统计出来的,如果跟你实际研究的问题有关就讨论,否则也没必要非得讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-15 01:04:50 | 只看该作者 Only view this author
好的,感谢sob老师

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