请教残基能量分解结果的分析

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-11-23 17:44:23

本帖最后由 NicoleDH 于 2021-11-23 17:45 编辑

各位老师好！

本人最近做了一个蛋白质-小分子配体复合物体系的动力学模拟，接着用gmx_MMPBSA做了残基自由能分解，在分析结果的时候遇到以下问题，请教各位。
1. 残基的ΔGtotal值越负表示该残基对配体结合的贡献越大，那么如果ΔGtotal值越正（如下图红框中的氨基酸），是否就表示该氨基酸不利于配体与蛋白的结合呢？如果对ΔGtotal值为正且很大的氨基酸做突变，有没有可能增强配体与蛋白质的亲和力呢？

2. 我观察了ΔGtotal值为负的一些残基，发现晶体结构中与配体形成盐桥的一个非常重要的氨基酸的ΔGtotal值只有-0.042 kcal/mol，原因是其ΔGele虽然很大（-19.094 kcal/mol），但是其极性溶剂化能ΔGploar为正且值很大（19.052 kcal/mol），两者抵消了。这个氨基酸从晶体结构上看应该是贡献比较大的氨基酸，但是从上述结果来看却不是。甚至有些氨基酸应该对结合有贡献的，ΔGtotal值却为正。请问这种情况应该怎么分析呢？
3. 另外，我计算了MM/PBSA，也计算了MM/GBSA，发现两种方法算出来的结合自由能分别是-49.547（± 14.51）kcal/mol，-31.457 （± 3.23）kcal/mol，两者差别有点大，应该以哪个为准呢？我知道GB是PB的近似，是不是应该取PBSA的结果呢？我的蛋白可结合两个相似的分子，我想用结合自由能看蛋白和哪个分子的亲和力更强，不知道这样是否合理。

请大家多多指点，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-24 07:48:34

1 是。可能

2 这是很正常的事。正如同Na+和Cl-看似静电吸引作用极强，但在水当中也不会倾向于呆在一起。

3 没有其它数据做参照（如TI方法算的、实验值）的情况下，虽然不排除MMGBSA反倒更好的可能，但也只能用原理上更准确的MMPBSA

配体结构相似的话，也可以考虑用炼金术类的方法来算相对结合自由能，这可能更准。

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-11-24 09:55:13

sobereva 发表于 2021-11-24 07:48
1 是。可能

2 这是很正常的事。正如同Na+和Cl-看似静电吸引作用极强，但在水当中也不会倾向于呆在一起。 ...

谢谢您的解答！

tongyu · 发表于 Post on 2022-5-22 20:08:50

您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉好乱。

ｃｌａｒｅ · 发表于 Post on 2022-11-8 10:26:16

tongyu 发表于 2022-5-22 20:08
您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉 ...

想问问后面是怎么做的结果图呀？我也觉得gmx_mmpbsa做出来的残基分解能力结果有点乱

tongyu · 发表于 Post on 2022-11-28 19:46:51

ｃｌａｒｅ发表于 2022-11-8 10:26
想问问后面是怎么做的结果图呀？我也觉得gmx_mmpbsa做出来的残基分解能力结果有点乱

复制结果数据到WPSExcel，数据-智能分列-手动处理，然后复制Excel里面的数据到origin作散点图即可

ｃｌａｒｅ · 发表于 Post on 2022-11-28 20:25:59

tongyu 发表于 2022-11-28 19:46
复制结果数据到WPSExcel，数据-智能分列-手动处理，然后复制Excel里面的数据到origin作散点图即可

感谢回复！

guoxiaomeng · 发表于 Post on 2023-5-16 16:29:52

tongyu 发表于 2022-5-22 20:08
您好，可以讲一下怎么做的结果图吗，怎么处理的dat数据[左捂脸]。gmx_mmpbsa做出来的残基能量分解结果感觉 ...

你好，我想请问一下，你是怎么处理gmx_mmpbsa得到的dat数据的，谢谢

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