Gaussian优化计算CPU如何选择？

lp2014 · 发表于 Post on 2018-6-18 22:53:22

做分子的Gaussian优化计算（MP2、6-311+G*），做了一个小的测试（one node）：
%nproc=40 %mem=380000MB （每个核内存）  时间：13mins
%nopoc=20 内存同上                                                       时间：12mins
%nopoc=10 内存同上                                                       时间：12mins
为什么增大核数并没有提高计算效率？或者说如何测试找出最优CPU？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-19 00:08:43

若无特殊情况，只跑一个任务时，有多少物理核心nproc就设多少
是nproc不是nopoc
注意看清楚你取的是wall clock time还是CPU time，看后者没意义
%mem根本不是设每个核用的内存上限。%mem是所有核共享的量
你机子当真有380GB物理内存？
绝大多数情况下，用MP2优化是糟糕透顶的选择，又贵又烂，因此这测试本身也根本没意义

lp2014 · 发表于 Post on 2018-7-11 17:11:25

sobereva 发表于 2018-6-19 00:08
若无特殊情况，只跑一个任务时，有多少物理核心nproc就设多少
是nproc不是nopoc
注意看清楚你取的是wall ...

对，是nproc
我取的是elapsed time，不是cpu time
因为是单节点运算，每个节点40个核，每个核9500MB，所以上述有误，不是每个核内存，是共享内存
用MP2是计算需要，因其耗时，所以需要测试用多少CPU可使elapsed time最优？
（因为做的是小片段批量计算）

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-12 05:49:14

lp2014 发表于 2018-7-11 17:11
对，是nproc
我取的是elapsed time，不是cpu time
因为是单节点运算，每个节点40个核，每个核9500MB， ...

只有一个任务时，有多少物理核心给多少物理核心，这样最快

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