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[GROMACS] 请问对MD的轨迹进行后分析的过程中应该选择哪一帧

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楼主
请问各位老师,要想对分子动力学模拟后的轨迹做具体的静态分析的话(如:对配体和蛋白残基的相互作用分析),是选取平衡后的一帧就行吗?还是需要对轨迹用cluster进行归簇后,选择占比最高的那一簇进行分析呢?

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发表于 Post on 2023-5-17 16:36:10 | 只看该作者 Only view this author
如果你只打算考虑对一个结构做静态分析,自然应当取相对来说最有代表性的,应当做簇分析取容量最大的簇里面代表性结构,然后再做几何优化,然后再用Multiwfn做aNCI、IGM等分析

如果簇分析之后发现还有其它的容量占比很大的簇而不能简单忽略,则其代表性结构也应当同时纳入分析。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 13:15:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-17 16:36
如果你只打算考虑对一个结构做静态分析,自然应当取相对来说最有代表性的,应当做簇分析取容量最大的簇里面 ...

收到!谢谢sob老师!

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