gromacs如何模拟超声条件

maojunlong

超声条件是不是只能用amber进行添加，gromacs是不是不能添加超声条件。之前看帖的时候发现，超声条件是可以用正弦压强进行代替，sob老师说需要改gromacs源代码，但是这步骤该如何进行修改找不到，请问有老师了解这一块嘛？有没有类似的教程。或者是说可以先考虑amber进行超声模拟，再转用gromacs进行分析？

azero

请问楼主解决了没，我也想做类似的研究，amber那一个设置可以增加超声条件啊

maojunlong

azero 发表于 2024-3-21 16:29
请问楼主解决了没，我也想做类似的研究，amber那一个设置可以增加超声条件啊

我用gromacs的，然后用类似正反弦变化的压强去模拟，主要是从文献里看到的

azero

maojunlong 发表于 2024-3-30 09:42
我用gromacs的，然后用类似正反弦变化的压强去模拟，主要是从文献里看到的

哦哦，请问你是分段模拟还是改代码啊

maojunlong

azero 发表于 2024-3-30 10:49
哦哦，请问你是分段模拟还是改代码啊

分段模拟的

azero

maojunlong 发表于 2024-3-31 13:32
分段模拟的

按我的理解 ，是不是这样去弄：
①把一个正反弦周期分割成N小段，然后每一小段时间用一个恒定的压强去跑
②这个N小段，设置多少比较合理，或者能否给我一篇参考文献

maojunlong

azero 发表于 2024-3-31 15:11
按我的理解 ，是不是这样去弄：
①把一个正反弦周期分割成N小段，然后每一小段时间用一个 ...

他是简单的正负压强，可以看看以下文献：doi：https://doi.org/10.1021/ja502749f   https://doi.org/10.1016/j.cej.2021.131819

azero

maojunlong 发表于 2024-4-16 13:59
他是简单的正负压强，可以看看以下文献：doi：https://doi.org/10.1021/ja502749f   https://doi.org/10. ...

你好，之前一直干实验，现在才准备跑模拟。
我对压力怎么选择有点疑惑，搞不清压力怎么根据功率怎么设置
https://doi.org/10.1016/j.cej.2021.131819   这里的功率是500W，压力是正负100MPa, 500W和100MPa是怎么的关系？我找了别的文献也还没看出两者的关系，还是说随便设一个压力就行，就好比如在那么短的模拟时间内超声模拟频率难以跟实验频率对应