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[GROMACS] 求助 RNA pdb文件在生成拓扑时报错,显示残基未在库里找到,但DNA却可以

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求助各位老师,前辈,RNApdb文件在生成拓扑时报错,显示残基未在库里找到,但DNA却可以,想问一下库里有没有RNA残基的定义呢?如果有,我是不是需要把pdb文件残基名修改一下呢?

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发表于 Post on 2023-5-20 15:23:23 | 只看该作者 Only view this author
自觉交代清楚所有相关细节,连用的什么力场都不说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-21 10:37:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-20 15:23
自觉交代清楚所有相关细节,连用的什么力场都不说

老师您好,我用的是gmx pdb2gmx指令,charmm36-2017力场,tip4p模型,选用的是一段RNA序列,pdb如下。 3ibk.pdb (84.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2023-5-21 17:48:35 | 只看该作者 Only view this author
为什么用那么老版本的CHARMM力场,太过时了

去看力场目录下的r2b文件,弄清楚pdb里的残基名是怎么往rtp里的残基名映射的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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