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[其它程序] 用WHAM处理COLVARS得到的窗口文件的问题

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Level 5 (御坂)

各位老师好,我在阅读WHAM手册的时候,发现这样一句话“Many simulation packages, including TINKER, AMBER, and CHARMM,do not include the 1/2 when they specify spring constants for their restraint terms. This is a common source of error ” ,我对于这句话的理解是TINKER, AMBER, and CHARMM这些程序在设置弹簧力的力常数时,设置的是k,而不是1/2k。与此同时我去阅读了COLVARS的手册里面明确提到force constant设置的是k,假设我设置的force constant= 1 单位 ,那么用WHAM处理COLVARS得到的窗口文件时,spring项应该设置为0.5?感谢各位老师的解答!

图一.png (2.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

弹簧力公式

弹簧力公式

图二.png (9.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

WHAM中输入文件的格式

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