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[GROMACS] 压力1bar的NPT模拟下N2发生聚集

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       各位老师好,我在温度333K、压力1bar下进行NPT模拟(加了100ps的模拟退火,0-333K)研究水在硫酸液滴表面的冷凝,时间步长1fs,模拟进行10ns时观看轨迹发现一部分N2聚集在了团簇表面,N2的力场参数使用的是TraPPE,请问这种现象是否合理?

       我在相同体系下使用2fs的模拟步长,N2没有聚集现象。



       水使用的是OPC3、CO2为EPM2,SO42-以及H3O+的参数是基于GAFF力场下的产生的。
                                 

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发表于 Post on 2023-5-20 15:47:25 | 只看该作者 Only view this author
不适合用EnerPres

原理上情况不正常。可以尝试步长改为0.5 fs看看什么情况,以及使用其它热浴和不同的时间常数看看什么情况。也可以尝试其它N2力场
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-20 17:08:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-20 15:47
不适合用EnerPres

原理上情况不正常。可以尝试步长改为0.5 fs看看什么情况,以及使用其它热浴和不同的时 ...

谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-21 21:28:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-20 15:47
不适合用EnerPres

原理上情况不正常。可以尝试步长改为0.5 fs看看什么情况,以及使用其它热浴和不同的时 ...

sob老师,在当前模拟体系下CO2被团簇吸收合理吗

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喵星人

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发表于 Post on 2023-5-21 23:06:50 | 只看该作者 Only view this author
建模不合理,你这完全是气相模拟,而实际上液滴比你想的大得多,应该去构建液-气相界面

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-23 17:10:15 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-5-21 23:06
建模不合理,你这完全是气相模拟,而实际上液滴比你想的大得多,应该去构建液-气相界面

主要是气相中N2在水团簇表面冷凝也不太合理吧

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