求助：mdp文件中耦合时间常数、约束键等参数的设置问题

wmy1217 · 发表于 Post on 2023-5-9 15:54:02

本帖最后由 wmy1217 于 2023-5-9 15:57 编辑

最近在做关于金属离子与蛋白质的分子动力学模拟，金属离子用的是虚拟原子模型，参考了这篇文章的虚拟原子模型参数（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.6b00223）
但是在写mdp文件时遇到了一些问题：

在我参考的这篇文献中，他的一些参数设置如下图

1、温度为线性升温：从0到298k
2、它的热浴和压浴设置的耦合时间常数都为0.2
3、用的是shake算法约束氢键

但是我在看这个作者的另一篇关于金属虚拟原子模型的文章中，他的参数设置有很大不同（Developing and Assessing Nonbonded Dummy Models of Magnesium Ion with Different Hydration Free Energy References | Journal of Chemical Information and Modeling (acs.org)）

1、温度不再是线性升温，而是初速度用maxwell
2、热浴和压浴设置的耦合时间常数分别为1和5ps
3、用lincs约束所有的化学键
我想问，以上三个设置参照哪篇文章的比较好？
此外第一篇文章中的“ Langevin dynamics (the collision frequency is 1.0 ps−1)”是体现在mdp文件设置中的哪里，这个设置有什么意义

我了解到nvt时采用线性升温会使体系更稳定；耦合时间常数数值越小热浴/压浴效果越强、偏离参考温度/压力程度越低，微观涨落也越不明显；
而当我用lincs或shake约束氢键时会产生以下note

但是constraints = all-bonds 时就不会有以上提示

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-9 22:18:56

用线性升温
甭用朗之万动力学，非主流，毫无用的必要
始终用constrains = hbonds，有问题该怎么解决怎么解决，别试图用all-bonds逃避
若无特殊情况，v-rescale热浴用tau_t = 0.2，PR压浴用tau_p = 2.0

别盲目效仿文献

wmy1217 · 发表于 Post on 2023-5-10 12:57:12

sobereva 发表于 2023-5-9 22:18
用线性升温
甭用朗之万动力学，非主流，毫无用的必要
始终用constrains = hbonds，有问题该怎么解决怎么 ...

非常感谢老师的解答！我还想请教一下，使用shake算法与lincs相比有何不同呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-10 22:06:22

wmy1217 发表于 2023-5-10 12:57
非常感谢老师的解答！我还想请教一下，使用shake算法与lincs相比有何不同呢？

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班的ppt：

zdworld · 发表于 Post on 2023-5-18 00:45:40

这个提示就是这个键的振动周期太短，步长一般要求低于10%最小振动周期，步长改小就行，说实话步长改小计算量要翻倍，不知道能不能单独约束这个键的长度。

wmy1217 · 发表于 Post on 2023-5-21 14:30:46

zdworld 发表于 2023-5-18 00:45
这个提示就是这个键的振动周期太短，步长一般要求低于10%最小振动周期，步长改小就行，说实话步长改小计算 ...

非常感谢，我想请问如果不对这个键进行约束，对于整个模拟会有什么影响吗

zdworld · 发表于 Post on 2023-5-23 12:09:10

wmy1217 发表于 2023-5-21 14:30
非常感谢，我想请问如果不对这个键进行约束，对于整个模拟会有什么影响吗

这个不一定，我自己的体系不约束就崩了，你可以跑个短时间的试试

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