求助能量分解出现bad atom type：O3

zkzk

体系中包含配体、镁离子、磷酸根、ADP和受体利用perl脚本计算结合自自由能可以算出结果，但是计算能量分解的时候出现bad atom type：O3
出错信息：
bad atom type: O3
        /public/soft/amber12/bin/sander -O -i sander_com.in -o sander_com.1.out -c ../3snapshot/snapshot_com.crd.1 -p ../nw-mut-178e.prmtop not successful

尝试过将O3的信息添加到原程序里，但依然出现这问题。
也尝试过利用只保留配体和受体的拓扑文件，提取snapshot，计算结合自由能，但计算出的结果是正数。

能量分解in文件
VERBOSE               0
PARALLEL              0
#
PREFIX                snapshot
PATH                  ../3snapshot
START                 1
STOP                  400
OFFSET                1
#
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
#
COMPT                 ../nw-mut-178e.prmtop
RECPT                 ../nw-nphe-178e.prmtop
LIGPT                 ../phe.prmtop
#
GC                    0
AS                    0
DC                    1
#
MM                    1
GB                    1
PB                    1
MS                    0
#
NM                    0
#

DCTYPE                2
#
COMREC                1-680
COMLIG                681-681
COMPRI                1-681
RECRES                1-680
RECPRI                1-680
RECMAP                1-680
LIGRES                1-1
LIGPRI                1-1
LIGMAP                681-681

#
PROC                  2
REFE                  0
INDI                  1.0
EXDI                  80.0
SCALE                 2
LINIT                 1000
ISTRNG                0.0
RADIOPT               0
ARCRES                0.0625
INP                   0
#
SURFTEN               0.00542
SURFOFF               0.92
#
IVCAP                 0
CUTCAP                -1.0
XCAP                  0.0
YCAP                  0.0
ZCAP                  0.0
#

#
IGB                   1
GBSA                  2
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
INTDIEL               1.0
#
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
#

请各位老师指教！

sobereva

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“能量分解”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

zkzk

好的，老师，谢谢

阿志

请问，您解决这个问题了吗？我看好像需要改 mdread.f 文件之类的，但是我没有找到，