在加入抗衡离子后仍有未加抗衡离子的警报

jqx_gromacs

各位老师好：
我在执行能量最小化的时候：

gmx grompp -f em.mdp -c met-s1_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

出现如下警报：
  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.

经过在论坛搜索，此警报的意思是没有加入抗衡离子。可是按照教程，我已经在能量最小化之前执行了加入抗衡离子的操作：
gmx grompp -f ions.mdp -c met-s1_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o met-s1_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
且在生成的.top文件中观察到已经加入了抗衡离子：
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
UNK                 625
SOL         414363
NA               621

请问这个警报需要怎样处理？直接忽略还是需要其他操作？

sobereva

看grompp的时候显示的净电荷具体是多少，很接近0可以无视，如果不很接近需要自行修正原子电荷。这跟是否已加入抗衡离子没必然联系

jqx_gromacs

sobereva 发表于 2023-5-30 05:10
看grompp的时候显示的净电荷具体是多少，很接近0可以无视，如果不很接近需要自行修正原子电荷。这跟是否已 ...

感谢sob老师的指点。经过您的提醒，看到gmx给的提醒是：
  System has non-zero total charge: 0.062487
  Total charge should normally be an integer.
经分析这是因为配体小分子的电荷误差引起的，我的配体小分子总的电荷量是-0.9999，而我的体系中引入了625个配体小分子，因此误差有0.0625，与gmx给出的提示一致。我昨天晚上一直使用-maxwarn 1参数来忽略这个警告，最终模拟也已经成功跑起来了。至今有7个小时仍在正常运行。请问0.062487电荷量是属于很接近0吗？我需要将模拟停下来，手动修改配体小分子的电荷量至-1.0000吗？

sobereva

jqx_gromacs 发表于 2023-5-30 09:36
感谢sob老师的指点。经过您的提醒，看到gmx给的提醒是：
  System has non-zero total charge: 0.062487 ...

不算很接近0
最好手动调一下原子电荷，使得每个分子的净电荷正好为0。但如果已经模拟了很长时间了，重新跑代价太高，那就凑合着吧。

jqx_gromacs

sobereva 发表于 2023-5-31 02:53
不算很接近0
最好手动调一下原子电荷，使得每个分子的净电荷正好为0。但如果已经模拟了很长时间了，重新 ...

感谢老师的指点