[Amber] 求助：给体系升温后，为什么盒子角处的水没有了？

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发表于 Post on 2023-9-21 12:25:45 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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老师好，

我搭建了一个膜蛋白、小分子和POPC膜的复合物体系。之后对体系进行能量优化、升温和平衡。

但是升温之后，用ambpdb -p glp1r_pf_popc.prmtop < 02_heat.rst > 02_heat-2.pdb指令，生成Pdb文件。我发现体系盒子角周围的水分子都没有了，请问这个现象正常吗？如果不正常，请问是哪里导致的这个现象？

升温用的in文件和升温之后，用.rst生成的pdb文件在附件。

谢谢老师

02_heat.in

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02_heat-2.zip

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