求助用Packmol 生成 pdb 文件中如何区别不同的分子

waker · 发表于 Post on 2023-6-8 18:58:58

我是新手，最近在才开始用Packmol 试着将两种不同的小分子混在一起跑程序。但是packmol的混合好的pdb文件中，两种分子的残基名是相同的，只有链名有区别。

这样在gromacs 跑过之后，两种分子的残基名一样，也没有链名，这样完全无法区分。求各位大神，教教我如何在packmol是，就将两种分子取不同的残基名，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 19:17:42

给packmol的pdb文件里残基名区分开就完了
另外，grompp的时候如果结构文件里的残基名和拓扑文件里的不符，自动就会用拓扑文件里的，拓扑文件里能区分开也行

waker · 发表于 Post on 2023-6-9 17:29:39

谢谢老师，我在给packmol的pdb 文件里将残基区分开了，但是我用的似乎是个笨办法，在文件中手动将一个个原子的残基给改了一下，有什么快速的方法去在pdb文件中定义残基名吗？我的pdb文件是通过Avogadro生成的

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