求助：怎么使用冻结命令将原子冻结

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-6-19 10:23:30

老师，友友们，这个模型是在ms建的，怎么使用冻结命令将紫色的原子（用锂原子构建的电极板）进行冻结。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-19 11:20:53

创建索引文件，把那些原子定义成一个组，mdp里设成冻结的组就完了

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-6-19 16:31:48

sobereva 发表于 2023-6-19 11:20
创建索引文件，把那些原子定义成一个组，mdp里设成冻结的组就完了

老师，想问一下，在运行的时候报错电荷不为0，但是单独模拟电解质净电荷是0，是不是这个由锂原子构成的电极有问题，这里的锂原子使用锂离子的itp参数，只是把电荷改为0 了，不知道这样做对不对

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-19 20:32:55

打豆豆的灰鸭发表于 2023-6-19 16:31
老师，想问一下，在运行的时候报错电荷不为0，但是单独模拟电解质净电荷是0，是不是这个由锂原子构成的电 ...

检查各种moleculetype里的原子电荷的定义。
假设你不考虑极化、电荷转移、表面态这些东西，可以把所有Li的原子电荷都设为0

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-6-19 20:56:28

sobereva 发表于 2023-6-19 20:32
检查各种moleculetype里的原子电荷的定义。
假设你不考虑极化、电荷转移、表面态这些东西，可以把所有Li ...

老师，那如果考虑极化、电荷转移、界面反应这些，那Li原子电荷应该怎么设。在看文献的时候是要考虑这些，比如在与电解质接触的原子带负电，其他是电中性，但不知道怎么做，谢谢老师解答

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-19 22:14:07

打豆豆的灰鸭发表于 2023-6-19 20:56
老师，那如果考虑极化、电荷转移、界面反应这些，那Li原子电荷应该怎么设。在看文献的时候是要考虑这些， ...

那得用CP2K做第一性原理动力学，不是力场的范畴了

培训里有大量固液表面类型问题的例子
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-6-20 09:15:15

sobereva 发表于 2023-6-19 22:14
那得用CP2K做第一性原理动力学，不是力场的范畴了

培训里有大量固液表面类型问题的例子

好的谢谢老师

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