MD时 tc-grps 的设置问题

vandenberg · 发表于 Post on 2020-5-7 09:34:18

最近在进行MD的时候，发现从NVT开始的时候忽视了mdp文件中的 tc-grps 设置，一直都在使用
tc-grps = Protein Non-Protein的设置而不是类似标准步骤中的tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions
设置，但是MD在进行过程中也没有报错。这样设置会对MD结果造成何种影响呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-7 21:13:45

通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

vandenberg · 发表于 Post on 2020-5-7 21:37:32

sobereva 发表于 2020-5-7 21:13
通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

谢谢老师

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-20 11:44:48

sobereva 发表于 2020-5-7 21:13
通常不会有明显问题。
以后最好把配体和蛋白质作为同一个控温组

sob老师，请问一下mdp文件中要怎么设置tc-grps，我看很多mdp直接就是Protein Non-Protein，这是可以通用的么？文件说明说加入其他离子啥的，需要进行其他什么设置，这个我查了很多资料，但还是不太懂。

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-21 13:04:21

琦锅锅发表于 2020-9-20 11:44
sob老师，请问一下mdp文件中要怎么设置tc-grps，我看很多mdp直接就是Protein Non-Protein，这是可以通用 ...

gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直接用。如果是其他类型体系显然不能这么写，都没蛋白质

tc-grps怎么设置看具体体系，水溶液中的蛋白质类的问题一般都是Protein和Non-Protein两个组分别控温

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-21 21:35:50

sobereva 发表于 2020-9-21 13:04
gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直 ...

好的，谢谢sob老师

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-10-23 11:25:18

sobereva 发表于 2020-9-21 13:04
gromacs里有一些默认的组，对于含蛋白质的体系，Protein和Non-Protein组不需要在索引文件里定义就可以直 ...

sob老师，请问一下，含有金属的蛋白，tc-grps一般如何设置呢？按照教程设置成tc-grps=Protein_lig water_and_ions这种形式么？需要将其中的金属加在里面吗？

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-10-23 15:22:11

琦锅锅发表于 2020-10-23 11:25
sob老师，请问一下，含有金属的蛋白，tc-grps一般如何设置呢？按照教程设置成tc-grps=Protein_lig water_ ...

我之前设置成这个样子，没有将金属加进去，跑了以后配体就不在原来位置，跑到其他地方去了，不知道是不是跟这个有关系，请问要怎么处理比较好

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-23 16:31:40

就把溶质和溶剂放两个group就行。这个设定是为了解决hot solvent/cold solute problem的，不用拆太细。

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-10-23 20:22:32

k64_cc 发表于 2020-10-23 16:31
就把溶质和溶剂放两个group就行。这个设定是为了解决hot solvent/cold solute problem的，不用拆太细。

那就是将蛋白与配体放一块，然后与water and ions组合么？我之前这样做，跑完以后，发现配体不在之前的位置了，会跟这个有关系么？

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-23 21:32:00

琦锅锅发表于 2020-10-23 20:22
那就是将蛋白与配体放一块，然后与water and ions组合么？我之前这样做，跑完以后，发现配体不在之前的位 ...

配体自己跑路原因可太多了，说不定换个initial state再跑就没这问题了。你可以考虑先在口袋里加个restraint，跑几个ns再放开，看看配体会不会再跑出去。

你的结合构象是Xray来的还是对接来的？

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-10-23 21:58:26

k64_cc 发表于 2020-10-23 21:32
配体自己跑路原因可太多了，说不定换个initial state再跑就没这问题了。你可以考虑先在口袋里加个restrai ...

我的是对接来的，之前在蛋白上设置了一个[ distance_restraints]来限制金属离子，不过总是会出现NOTE，然后运行时还会出现这些提示，可能也是原因

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-24 10:55:19

琦锅锅发表于 2020-10-23 21:58
我的是对接来的，之前在蛋白上设置了一个[ distance_restraints]来限制金属离子，不过总是会出现NOTE，然 ...

比较倒霉的情况之一：对接找到的构象不足以让配体和蛋白稳定结合。

之二：金属离子和配体/蛋白有带有取向性的配位键，光靠非取向性的LJ和Coulomb相互作用不能准确描述它。

前一个需要你谨慎对待对接结果，比如确定你口袋真没选错，确定你的对接结果真的足够好；后一个一般没辙，除非把金属原子直接拟合成某分子的一部分，给他搞上键长键角，当然这挺不常规的。

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-10-24 16:00:28

k64_cc 发表于 2020-10-24 10:55
比较倒霉的情况之一：对接找到的构象不足以让配体和蛋白稳定结合。

之二：金属离子和配体/蛋白有带有 ...

好的，非常感谢！我再研究研究

CruiseBend · 发表于 Post on 2021-1-8 14:49:11

老师们好，对于在液相中材料（800个分子）吸附小分子，是不是直接一起控温就可以，谢谢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] MD时 tc-grps 的设置问题

浏览过的版块