求助：在进行位置限制性NVT模拟时，提示the default file 'conf' does not exist

芮啦 · 发表于 Post on 2021-3-29 18:17:19

各位老师好，我在进行NVT模拟时，输入命令gmx grompp -f nvt.mdp -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr但提示错误信息为：
Error in user input:
Invalid input values
   In option c
         Required option was not provided, and the default file 'conf ' does not exist or is not accessible.
      The following extensions were tried to complete the file name:
         .gro, .g96, .pdb, .brk, .ent, .esp, .tpr
我查找了一些资料，但没有找到与之相同的错误信息，麻烦老师们指点一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-29 20:11:14

你没用-c选项指定结构文件

芮啦 · 发表于 Post on 2021-3-29 23:55:20

sobereva 发表于 2021-3-29 20:11
你没用-c选项指定结构文件

谢谢sob老师，我本来是用-c指定的em.gro文件，但是它提示了以下错误信息：
Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r). From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option.
所以我就用-r指定em.gro文件了

黄舒伟 · 发表于 Post on 2021-3-30 00:06:27

。。。报错的意思是你不仅要-c你还要-r

芮啦 · 发表于 Post on 2021-3-30 08:55:23

黄舒伟发表于 2021-3-30 00:06
。。。报错的意思是你不仅要-c你还要-r

谢谢老师，我再试一试

lrl · 发表于 Post on 2022-11-24 18:09:27

请问楼主，你的这个问题解决了吗

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[GROMACS] 求助：在进行位置限制性NVT模拟时，提示the default file 'conf' does not exist