离线安装CP2K2024.1

goldNAN

听说CP2K支持多K点模式下计算杂化泛函，下载一个安装。
与冰释之川的安装方法类似http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html，但我已经把GCC、Zlib的也打包进去了，做到了精简安装。已经测试在Centos、Ubuntu上安装成功。

本笔记涉及到的软件包(cp2k-2024.1)下载地址：
链接: https://pan.baidu.com/s/13ZmEKfRJH_jbPMB8OPGsZA?pwd=cef5 提取码: cef5

备用链接：https://share.weiyun.com/8qeST0kD 密码：4i97dh

编译安装CP2K-2024.1
(1)利用如下命令进行解压cp2k-2024.1.tgz

tar -zxvf cp2k-2024.1.tgz

(2)进入解压后的目录tools/toolchain/

cd cp2k-2024.1/tools/toolchain

(3)编译部署工具链：

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-gcc=install

看到如下编译信息后代表工具链已经安装完毕：

• ========================== usage =========================
• Done!
• Now copy:
•   cp X/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/arch/* to the cp2k/arch/ directory
• To use the installed tools and libraries and cp2k version
• compiled with it you will first need to execute at the prompt:
•   source X/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/setup
• To build CP2K you should change directory:
•   cd cp2k/
•   make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"
• arch files for GPU enabled CUDA versions are named "local_cuda.*"
• arch files for GPU enabled HIP versions are named "local_hip.*"
• arch files for OpenCL (GPU) versions are named "local_opencl.*"
• arch files for coverage versions are named "local_coverage.*"
• Note that these pre-built arch files are for the GNU compiler, users have to adapt them for other compilers.
• It is possible to use the provided CP2K arch files as guidance.
  

(4)编译CP2K本体：

cp ./install/arch/* ../../arch/
source ./install/setup && cd ../..
make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"


(5)把以下内容加入到~/.bashrc文件里：目录换成你的目录

source /yourpath/cp2k-2024.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/yourpath/cp2k-2024.1/exe/local


至此，CP2K安装完毕，可以使用 mpirun -np 32 cp2k.popt X.inp运行CP2K。

乐平

你有没有试过跑一跑自带的测试？

1. make -j 32 ARCH=local VERSION="psmp" test

复制代码

我上个月编译完成，编译过程中没有任何报错，很顺利。但是跑测试的时候有 52 个 Time OUT, 2 个 Error

goldNAN

没测试过

dawning

楼主的文件确实好用，很方便。在VM虚拟机上rocky9.3系统安装成功。cp2k.popt版工作正常。

huangxc82

CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libgrpp-main-20231215.zip is found
./scripts/stage3/install_libgrpp.sh: line 43: unzip: command not found
ERROR: (./scripts/stage3/install_libgrpp.sh, line 43) Non-zero exit code detected.

乐平

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

到 https://www.cp2k.org/static/downloads/ 网页里下载 libgrpp-main-20231215.zip，放到 build 目录里就行了

sobereva

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

装个unzip就完了

goldNAN

huangxc82 发表于 2024-3-23 21:37
CP2K2024.1在安装libgrpp可能会出现error，添加上--with-libgrpp=no 可以解决问题
以下是出现问题：
libg ...

你这个机器比较神奇 如果是自己的电脑 可以装个unzip  如果没权限，需要改./scripts/stage3/install_libgrpp.sh, line 43  把有unzip的命令注释掉，自己提前把解压后的包传到build文件夹里

Anmmun

"mca_base_component_repository_open: unable to open mca_mtl_ofi: libefa.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)"
各位老师好，在学校的超算上，slurm.out出现了这个报错，是怎么回事呢？

goldNAN

Anmmun 发表于 2024-3-25 08:45
"mca_base_component_repository_open: unable to open mca_mtl_ofi: libefa.so.1: cannot open shared obj ...

估计跟openmpi有关系，可能编译openmpi时加上--disable-dlopen 就可以了https://github.com/open-mpi/ompi/issues/10049

abin

大部分超算平台，会采用专用网络硬件……
如果未做适配，
你的计算会很慢的……

更有甚者，调试不当，单节点计算也会很慢。

如果平台免费用，而且你又不着急，
那就随便折腾吧……

遇到收费的场景，调试不当，
慢起来，可不是一天慢一两个小时，
而是慢好几倍的概念……

Anmmun

goldNAN 发表于 2024-3-25 09:42
估计跟openmpi有关系，可能编译openmpi时加上--disable-dlopen 就可以了https://github.com/open-mpi/omp ...

没有安装openmpi，我是如下操作：
module load openmpi 4.1.1
module load gcc 12.0.1
然后执行toolchain脚本 "./install_cp2 ... --with-openmpi=system ...."来安装的，完成后显示让cp ... /toolchain/install/arch到... cp2k-2024.1/arch

Anmmun

abin 发表于 2024-3-25 10:45
大部分超算平台，会采用专用网络硬件……
如果未做适配，
你的计算会很慢的……

收费平台，没做过具体测试，单步SCF在虚拟机4核需要20s，在超算上25核单步需要7s

huangxc82

sobereva 发表于 2024-3-23 21:57
装个unzip就完了

装unzip解决，感谢！

huangxc82

goldNAN 发表于 2024-3-23 22:48
你这个机器比较神奇 如果是自己的电脑 可以装个unzip  如果没权限，需要改./scripts/stage3/install_libg ...

装unzip解决，感谢！