计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1663|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] GFN1-XTB计算速度很慢,请各位帮忙分析一下,输入文件如贴

[复制链接 Copy URL]

26

帖子

0

威望

318

eV
积分
344

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
#Generated by Multiwfn
&GLOBAL
  PROJECT grap+mo2c+h2o-p
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE GEO_OPT
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
    &TOPOLOGY
      MULTIPLE_UNIT_CELL  2  2  1
    &END TOPOLOGY
    &CELL
      A    12.14240000     0.00000000     0.00000000
      B     6.06864095    10.63286174     0.00000000
      C     0.00980823     0.01656158    23.61219215
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)
      MULTIPLE_UNIT_CELL  2  2  1
    &END CELL
    &COORD
      C           2.47906895    0.01996132    6.47800492
      C           4.90767178    0.02102742    6.48201899
      C           7.33572697    0.02113408    6.48249123
      C           9.76432683    0.02028047    6.47824104
      C           0.05034557    0.01932219    6.47635206
      C           1.26377212    2.14728062    6.48178287
      C           3.69170543    2.14845023    6.48178287
      C           6.12079205    2.14972584    6.48131062
      C           8.55012138    2.14908655    6.47942165
      C          10.97835919    2.14759844    6.48013001
      C          12.19200442    4.27445235    6.42676646
      C           2.47717691    4.27435132    6.43432236
      C           4.90578927    4.27415705    6.46053190
      C           7.33475874    4.27395068    6.46950453
      C           9.76389777    4.27425493    6.44848968
      C          10.97766953    6.40069196    6.40716834
      C          13.40523368    6.40057686    6.39465388
      C           3.69035970    6.39996804    6.43621134
      C           6.11958428    6.40020785    6.47493533
      C           8.54951391    6.40062075    6.45722619
      C           9.76341882    8.52729031    6.44423948
      C          12.19080007    8.52749304    6.43007217
      C          14.61807014    8.52750032    6.44046153
      C           4.90458363    8.52762106    6.46100414
      C           7.33452190    8.52762305    6.46383760
      C          12.19034390    1.43328494    6.48319960
      C           2.47666811    1.43413822    6.48697755
      C           4.90521030    1.43573630    6.49146387
      C           7.33368976    1.43594813    6.49028326
      C           9.76180354    1.43466838    6.48485245
      C          10.97685346    3.56249365    6.45203151
      C          13.40387435    3.56270299    6.44730907
      C           3.68916924    3.56260362    6.45722619
      C           6.11850377    3.56239858    6.46808780
      C           8.54813586    3.56228977    6.46454597
      C           9.76221597    5.68841577    6.43455848
      C          12.18983075    5.68817727    6.39772346
      C          14.61704210    5.68808155    6.41283527
      C           4.90314113    5.68811368    6.45864292
      C           7.33296243    5.68833594    6.47233799
      C           8.54704831    7.81532267    6.45675394
      C          10.97520924    7.81497735    6.41921056
      C          13.40301878    7.81486655    6.41283527
      C          15.83114804    7.81488941    6.44542009
      C           6.11772502    7.81533393    6.47281024
      C           7.33187647    9.94009505    6.46761555
      C           9.76090270    9.94083935    6.46761555
      C          12.18883695    9.94137232    6.46950453
      C          14.61658830    9.94137215    6.46926841
      C          17.04525023    9.94020171    6.46808780
      C           2.98740268    3.32498857    9.83424191
      C           6.02263883    3.32201087    9.83353354
      C           9.05781425    3.32318164    9.83518640
      C          12.09371722    3.32605268    9.83542252
      C          16.64662664    8.64173842    9.83424191
      C           7.53897647    8.64258905    9.83424191
      C          10.57415371    8.63823157    9.83707537
      C          13.61060388    8.63738094    9.83707537
      C          13.61449165    4.69980164   12.23701858
      C           4.50799469    4.69990714   12.23583797
      C           7.54280546    4.69980081   12.23583797
      C          10.57804158    4.69980147   12.23678246
      C          15.13143615   10.01655000   12.23489349
      C           6.02421083   10.01793228   12.23489349
      C           9.05914328   10.01718814   12.23512961
      C          12.09528997   10.01601853   12.23512961
      C           1.47339335    0.61047120   14.60815492
      C           4.50911483    0.61025854   14.60815492
      C           7.54459375    0.61004638   14.60886329
      C          10.58007218    0.61025887   14.60862716
      C          15.13255747    5.92647791   14.60980777
      C           6.02563555    5.92690256   14.60886329
      C           9.06111452    5.92647775   14.60957165
      C          12.09683634    5.92605293   14.61028002
      C           2.99447051    1.99134566   17.01187608
      C           6.03000973    1.99123917   17.01163996
      C           9.06554904    1.99113284   17.01163996
      C          12.10120992    1.99123950   17.01211220
      C           4.51099099    7.30820201   17.01211220
      C           7.54659113    7.30841500   17.01258445
      C          10.58231280    7.30820267   17.01305669
      C          13.61791285    7.30799002   17.01305669
      Mo         13.60702076    4.75080215   10.21321759
      Mo          4.50082746    4.74888675   10.21109250
      Mo          7.53436326    4.74803579   10.21062025
      Mo         10.56959951    4.74995136   10.21298147
      Mo         15.12256908   10.06552978   10.21038413
      Mo          6.01607190   10.06861331   10.21038413
      Mo          9.05234016   10.06680572   10.21038413
      Mo         12.08763734   10.06372219   10.21038413
      Mo          1.47699405    0.83809382   12.44740322
      Mo          4.51277628    0.83692387   12.44693097
      Mo          7.54770867    0.83639239   12.44716709
      Mo         10.58312635    0.83756217   12.44740322
      Mo         15.13585445    6.15314291   12.44811158
      Mo          6.02881125    6.15335507   12.44740322
      Mo          9.06392555    6.15378055   12.44763934
      Mo         12.09976875    6.15356839   12.44834770
      Mo          2.98870899    2.06981375   14.73448015
      Mo          6.02406614    2.06981375   14.73448015
      Mo          9.05924123    2.06992024   14.73471627
      Mo         12.09496275    2.06992041   14.73495239
      Mo          4.50480465    7.38677676   14.73518851
      Mo          7.54028332    7.38677692   14.73542464
      Mo         10.57594431    7.38645827   14.73589688
      Mo         13.61148362    7.38635194   14.73589688
      Mo         13.61469989    3.41569252   16.81565876
      Mo          4.50771763    3.41579868   16.81542264
      Mo          7.54325685    3.41569219   16.81518652
      Mo         10.57897852    3.41547986   16.81565876
      Mo         15.13128110    8.73201706   16.81565876
      Mo          6.02454154    8.73233572   16.81518652
      Mo          9.06038449    8.73233588   16.81542264
      Mo         12.09592395    8.73201706   16.81565876
      Mo          1.47342539    1.90159651   10.02738964
      Mo          4.50854095    1.89798200   10.02833413
      Mo          7.54462735    1.89670672   10.02927862
      Mo         10.58065110    1.90021490   10.02833413
      Mo         15.13514130    7.21462801   10.03187596
      Mo          6.02651810    7.21696509   10.02880637
      Mo          9.05902316    7.21494634   10.03093147
      Mo         12.09662847    7.21271559   10.03400106
      Mo          2.99328374    3.23843305   12.10242909
      Mo          6.02839825    3.23800790   12.10266521
      Mo          9.06326980    3.23843354   12.10313745
      Mo         12.09935539    3.23885886   12.10313745
      Mo         16.65275079    8.55624702   12.10360970
      Mo          7.54431143    8.55677866   12.10360970
      Mo         10.57948702    8.55646050   12.10479031
      Mo         13.61684769    8.55592870   12.10455419
      Mo         13.61186299    4.47111639   14.39871478
      Mo          4.50518416    4.47132872   14.39824253
      Mo          7.54035910    4.47164771   14.39824253
      Mo         10.57577714    4.47132888   14.39847865
      Mo         15.12820037    9.78786476   14.39658968
      Mo          6.02140027    9.78829007   14.39658968
      Mo          9.05700042    9.78807758   14.39682580
      Mo         12.09260052    9.78765227   14.39682580
      Mo          1.48232073    0.56521375   16.63384489
      Mo          4.51767793    0.56500109   16.63384489
      Mo          7.55346019    0.56489493   16.63408101
      Mo         10.58924230    0.56500126   16.63408101
      Mo         15.14142406    5.88111397   16.63526162
      Mo          6.03468445    5.88164528   16.63478937
      Mo          9.06998096    5.88175178   16.63502549
      Mo         12.10552067    5.88122063   16.63573386
      O           9.15519405    5.59465403   18.74241364
      H           7.57278253    3.37058514   18.29732382
      H           9.71775578    6.34649357   19.33437130
    &END COORD
  &END SUBSYS

  &DFT
#   WFN_RESTART_FILE_NAME grap+mo2c+h2o-p-RESTART.wfn
    CHARGE    0 #Net charge
    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-12 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
      METHOD xTB
      &xTB
        DO_EWALD T
        CHECK_ATOMIC_CHARGES F #xTB calculation often crashes without setting this to false
        &PARAMETER
          DISPERSION_PARAMETER_FILE dftd3.dat
          PARAM_FILE_NAME xTB_parameters
        &END PARAMETER
      &END xTB
    &END QS
    &POISSON
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
      PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
    &END POISSON
    &SCF
      MAX_SCF 25 #Maximum number of steps of inner SCF
      EPS_SCF 1.0E-06 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
      &OT
        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
        MINIMIZER DIIS #CG is worth to consider in difficult cases
        LINESEARCH 2PNT #1D line search algorithm for CG. 2PNT is default, 3PNT is better but more costly. GOLD is best but very expensive
        ALGORITHM STRICT #Algorithm of OT. Can be STRICT (default) or IRAC
      &END OT
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 20 #Maximum number of steps of outer SCF
        EPS_SCF 1.0E-06 #Convergence threshold of outer SCF
      &END OUTER_SCF
      &PRINT
        &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file
          BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &GEO_OPT
    TYPE MINIMIZATION #Search for minimum
    KEEP_SPACE_GROUP F #If T, then space group will be detected and preserved
    OPTIMIZER BFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or LBFGS
    &BFGS
      TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom
#     RESTART_HESSIAN T #If read initial Hessian, uncomment this line and specify the file in the next line
#     RESTART_FILE_NAME to_be_specified
    &END BFGS
    MAX_ITER 500 #Maximum number of geometry optimization
    MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change
    RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change
    MAX_FORCE 4.5E-4 #Maximum force
    RMS_FORCE 3E-4 #RMS force
  &END GEO_OPT
  &PRINT
    &TRAJECTORY
    FORMAT pdb
    &END TRAJECTORY
    &RESTART
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
    &END RESTART
  &END PRINT
&END MOTION


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-6-16 17:32:43 | 只看该作者 Only view this author
说清楚慢是具体怎么慢,什么机子、慢体现在哪里、什么运行环境,要么描述清楚,要么给出输出文件
我这里2*7R32,48核并行跑你的输入文件,你的体系差不多600原子,SCF一轮不到一秒钟,一点也不慢
  ----------------------------------- OT ---------------------------------------

  Step     Update method      Time    Convergence         Total energy    Change
  ------------------------------------------------------------------------------
     1 OT DIIS     0.80E-01    2.1     0.01573612     -1228.0272040559 -1.23E+03
     2 OT DIIS     0.80E-01    0.8     0.02908286     -1200.4103013976  2.76E+01
     3 OT DIIS     0.80E-01    0.8     0.00444176     -1256.1896832161 -5.58E+01
     4 OT DIIS     0.80E-01    0.8     0.00537155     -1259.1591864857 -2.97E+00
     5 OT DIIS     0.80E-01    0.8     0.00302904     -1262.0764395895 -2.92E+00

如果你是指SCF难收敛导致几何优化每一步慢,该怎么解决怎么解决
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

26

帖子

0

威望

318

eV
积分
344

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 17:58:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-16 17:32
说清楚慢是具体怎么慢,什么机子、慢体现在哪里、什么运行环境,要么描述清楚,要么给出输出文件
我这里2* ...

这是 我的输出文件,计算速度和社长的相差很大,不知道啥原因。CP2K编译方法是按社长帖子进行编译的。

cp2kout

2.52 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

CP2K输出文件

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-6-19 20:54:20 | 只看该作者 Only view this author
chemjay 发表于 2023-6-19 17:58
这是 我的输出文件,计算速度和社长的相差很大,不知道啥原因。CP2K编译方法是按社长帖子进行编译的。

多给点核
并且尝试2022.2版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 02:19 , Processed in 0.688437 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list