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[综合交流] QMMM环境中与气相中分子结构差异原因

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本帖最后由 函数与激情 于 2018-12-23 19:42 编辑

各位老师,我最近研究一个非天然碱基的性质,发现在气相环境和DNA QMMM中的结构变化较大,气相中是个弯曲的构型,在DNA中却是几乎平面的构型,尝试了chemshell接高斯,接turbomole以及molcas接tinkerQMMM方法结果均一致,确实存在结构差异。该分子S原子上下距离碱基较远,似乎不是base stacking作用,请问大家遇到过相关现象吗或者有什么建议啊  谢谢大家

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发表于 Post on 2018-12-23 18:07:14 | 只看该作者 Only view this author
最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-23 19:36:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-23 18:07
最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来

老师,已经上传了优化完的DNA的结构,外面的水盒子去掉了,中间的含硫三元环是我的QM分子

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发表于 Post on 2018-12-24 01:26:08 | 只看该作者 Only view this author
可以把DNA模型简化到只剩与这个碱基发生氢键作用的碱基,以及与这个分子相连的糖,然后再优化;然后可以再把氢键作用的碱基也给去掉;然后再把糖去掉。反复对比看是什么因素引起的。
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发表于 Post on 2018-12-24 05:20:44 | 只看该作者 Only view this author
是不是溶剂的影响?

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