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[NBO相关] 求助NBO分析中如何根据输出文件计算轨道电子数

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本人尝试重复文献Self-Accelerating CO Sorption in a Soft Nanoporous Crystal一文(Science, 2014, 343.6167: 167-170)中NBO分析的计算,结束后无法得出红色框中所说的0.253e。

我们的计算方法是:①簇模型基于文献给的结构自行根据键长键角搭建;② 计算级别是M06L/6-311G(2d),未用文献中写的混合基组;③ CO的NBO在相同级别下先几何优化 再算NBO

结果是:吸附态的CO的C的LP值是1.93230,气态的CO的C的LP值是1.99927,二者的差值仅为0.06697,与文献中说的0.253e相差很大;而通过加和MOF中C-O含p最高的两个BD*,结果是0.04507,跟文献说的0.036e差不多。由于Cu-C键键长较大,因此MOF的输出文件中没有类似于BD (Cu - C)这样的数据,想请教一下0.253e是怎么算出来的呢?感谢指教!



OUTPUTs.zip

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输出文件,内含CO和MOF的

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发表于 Post on 2023-6-18 11:00:12 | 只看该作者 Only view this author
你若要精确重复文中数据,就用与文章严格相同的级别,哪怕文章用的级别并不理想,要么就别试图精确重复文中数据

LP轨道占据数根本不是用来判断电子转移量的。NBO框架里主要就有两种方式能够判断电子转移量,一个是看两种状态下某个原子或片段的NPA电荷的变化,但这只能体现原子/片段与周围环境之间的净转移量,而不能具体体现“谁向谁”转移。另一个做法是做NBO E2分析,根据微扰公式计算电荷转移量,参看下面的量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班讲NBO部分的ppt,但这种方式估计的转移量极其粗糙。




研究配体-金属之间电子转移量这种问题,用CDA好得多
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
特别是结合ETS-NOCV,更是能将相互作用非常直观地可视化并得到相互作用能
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-18 14:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-18 11:00
你若要精确重复文中数据,就用与文章严格相同的级别,哪怕文章用的级别并不理想,要么就别试图精确重复文中 ...

谢谢老师回复!我们仔细研究一下您介绍的方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-24 17:13:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-18 11:00
你若要精确重复文中数据,就用与文章严格相同的级别,哪怕文章用的级别并不理想,要么就别试图精确重复文中 ...

老师,还想请教一下,我们自己的体系当中,现在CO-MOF中,CO的BD*相比气态CO增加了~0.2 e,但是用NPA电荷计算Cu的d轨道减少了~0.1 e,但是CO的BD*增加了~0.2 e,我们想理解多增加的这0.1 e来自哪里, 请问这种比较有意义吗?如果有意义,有什么好的手段追踪增加的BD*的来源吗?
谢谢!

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发表于 Post on 2023-6-25 02:10:11 | 只看该作者 Only view this author
SchrodingersCat 发表于 2023-6-24 17:13
老师,还想请教一下,我们自己的体系当中,现在CO-MOF中,CO的BD*相比气态CO增加了~0.2 e,但是用NPA电荷 ...

拿NBO轨道占据数来讨论电子量变化根本没意义,你懂NBO轨道搜索原理自然能明白,这种判断是非常不公正的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-29 19:29:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-25 02:10
拿NBO轨道占据数来讨论电子量变化根本没意义,你懂NBO轨道搜索原理自然能明白,这种判断是非常不公正的

谢谢老师指点

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