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[GROMACS] rmsf换算成B因子的疑问

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老师您好,讲义(90-92页)说gmx生成rmsf的单位是nm,我生成的xvg文件确实如此。然后我运行了讲义上的程序gmx rmsf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rmsf.xvg -res -oq bfac.pdb -b 40000(略有修改),生成的文件没有像讲义上说的把fmsf换算成B因子,我用vmd打开bfac文件是很虚很小的图,拉进之后更虚,另外我也找不到B因子着色方式,不能用结构显示波动程度,请问怎么处理。我附带了vmd打开bfac的截图,请指教,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-1 19:35:55 | 只看该作者 Only view this author
图片怎么刚才怎么没发上来

202308011935247323..png (28.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2023-8-1 20:20:53 | 只看该作者 Only view this author
每次说到讲义的时候,说具体是什么讲义、第几届的

bfac.pdb压缩后上传
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-8-1 20:21:11 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-8-1 19:35
图片怎么刚才怎么没发上来

发的帖子有误时不要发新回帖。直接编辑原贴
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-2 00:04:41 | 只看该作者 Only view this author
第12届北京科音分子动力学与gromacs程序培训班,压缩包也发过来了

bfac.rar

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发表于 Post on 2023-8-2 00:10:57 | 只看该作者 Only view this author
用文本编辑器打开pdb文件便知里面只有碳原子,肯定显示成这样
使用我的讲义上的命令处理培训的file文件包里的文件看得到什么,弄清楚是程序有问题还是你的被处理的文件有问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-2 00:36:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein,就没有出现上面的问题,我附带了pdb文件,请检查。
rmsf.xvg里显示的是残基和nm之间的关系,并不是残基和b因子之间的关系,请问这个有影响吗
需要用ba2r吗
请问在vmd里,用b因子着色,具体选哪个,我看coloring method里b开头的只有backbone和beta,都不是b因子

bfac1.rar

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发表于 Post on 2023-8-2 00:54:54 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-8-2 00:36
老师,您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein,就没有出现上面的问题,我附带了pdb文件,请检查。
rmsf ...

不知道你说的nm指什么
讲义里解释得很详细了。ba2r干的正是gmx rmsf做不到的事
beta就是B因子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-2 01:04:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jia1012428 于 2023-8-2 09:42 编辑

老师,我按您说的,操作成功了,请见附件。
讲义里说按照程序运行计算rmsf,并把rmsf换算成b因子。之后把每个残基中的原子的B因子取平均并输出到rmsf_protein.xvg中,并把md.tpr里的蛋白质结构带着计算出的b因子写入到bfac.pdb中。
有个问题,我算出来的rmsf横坐标是残基,纵坐标还是nm(见附件),并不是b-factor(单位是A^2)。
请问bfac的颜色是以b-factor为参数计算的吗,我在附带上纵坐标为nm的rmsf图,投稿会不会被问到说两个图的标准不统一?用不用把rmsf的结果换算成b-factor单位,如果是用什么可以转换?

202308020103579491..png (82.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

vmd结果

vmd结果

rmsf.xvg

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b-factor

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发表于 Post on 2023-8-2 23:17:50 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-8-2 01:04
老师,我按您说的,操作成功了,请见附件。
讲义里说按照程序运行计算rmsf,并把rmsf换算成b因子。之后把 ...

要么都用RMSF比,要么都用B因子比,讲义上说了,在我的Biochemistry 2009, 48, 7986–7995给了RMSF与B因子的转换关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 01:19:56 | 只看该作者 Only view this author
搜到文章了,学习过,谢谢!

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