低共熔溶剂萃取聚酯单体染料脱色模拟结果与实验结果有较大差别的问题

tym1999

利用gromacs模拟低共熔溶剂（DES)萃取聚酯单体染料脱色的过程，模拟中染料模型物为分散蓝56（DB56)，聚酯单体模型物为BHET，DB56和BHET都溶于乙二醇（EG)和水的混合溶液中，实际的实验结果表明低共熔溶剂能够很好的萃取DB56，使得BHET能够大量的留在EG和水的混和溶液中，从而使DB56和BHET分开。但动力学模拟30ns(已平衡），结果表明DB56和BHET并没有分开，都被低共熔溶剂萃取了（如图1所示），所以想问问
1.这种模拟结果和实验结果有很大差别的原因是什么呢？是因为力场还是模拟条件文件mdp的问题？模拟中分子都是C、H、O、N、Cl的有机物，通过在线acpype网站下载的GAFF力场文件，并通过Multiwfn计算了resp电荷。
2.为了验证使用的GAFF力场，模拟计算了几种分子的密度（如图2所示），发现有些分子的误差很小，但有些比较大，这种是不是对模拟结果也有很大的影响啊？如果是力场的问题，除了GAFF力场，还有其他力场能够较好的用于有机物的萃取模拟吗？

sobereva

光说RESP电荷不具体，不同理论方法下、不同溶剂考虑下，得到的结果甚至可能相差百分之几十，可能令某分子对极性相和非极性相的相对亲和程度有极大差异。
mdp没明显问题

除原子电荷外，尝试用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件再试，如果也一样，让sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件再试

tym1999

sobereva 发表于 2023-6-26 04:52
光说RESP电荷不具体，不同理论方法下、不同溶剂考虑下，得到的结果甚至可能相差百分之几十，可能令某分子对 ...

老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

sobereva

tym1999 发表于 2023-6-26 11:33
老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

把ambertools里自带的gaff2.dat里的参数替换到LJ_param.dat和bonded_param.dat里

slxc920113

tym1999 发表于 2023-6-26 11:33
老师，怎么用sobtop产生基于GAFF2的参数的拓扑文件啊？我看例子给的都是基于GAFF力场的拓扑文件

怕麻烦的话，可以试试AuToFF生成拓扑文件，https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom，电荷再手动更改成你自己自己用RESP方法计算的。