PlotEne.py：优雅地绘制能量折线图

Kalinite · 发表于 Post on 2023-5-18 15:56:47

本帖最后由 Kalinite 于 2023-5-23 11:16 编辑

绘制能量折线图的方法很多，常见的如sob-Origin法[1]、ChemDraw尺量法[2]、ChemDraw进阶法[3]等。
由于Origin是最常用的作图软件之一，且新版的Origin有更多不为人知的功能，此处在sob-Origin的基础上进行一个升级，使大家可以更优雅地绘制能量折线图。脚本可在文末下载。

[1] 在Origin中绘制能量折线图的方法 http://sobereva.com/320
[2] 乐子：用尺量屏幕确定横线的高度
[3] https://github.com/wongzit/EnePro

下面讲解该脚本的用法，笔者使用的是Origin 2021版本。

1. 准备输入文件
默认是ene.txt。本例的输入文件如下：

gap 1 # 两个中间体/过渡态横线之间的间隔
length 1 # 横线的长度
0 43.4 3.3 28.2 -6.4 42.3 0.4 43 11.9 70.3 -0.3 9.2 -21.6 color 100 100 100 width 4 2 # 主反应能量折线
add 8 19.3 9 4.8 color 150 150 150 width 4 2 # 副反应能量折线
add start 8 9 -12.6 end 13 color 200 200 200 width 4 2 # 次要路径反应能量折线

大小写和顺序均不敏感。
主反应能量折线的语法如下：首先罗列所有中间体/过渡态的能量数据，用空格分隔；color引导三个数字，分别指定该曲线的RGB数值；width引导两个数值，分别指定横线和连接线的宽度（默认连接线使用Origin中的short dot样式）。color和width的先后顺序可颠倒，也可缺省，默认为黑色和宽度均为1。
副反应/次要路径能量折线的语法如下：以add开头，start引导1个数字，指定副反应/次要路径从主反应的第几个能量点处产生分支，同理，end及其引导的一个数字指定副反应/次要路径回到主反应的第几个能量点处。对于副反应，可能不回到主反应的折线上，或者作图时不希望从主反应的能量点引出，因此start和end都是可以缺省的。用下划线划出的每组两个数字，第一个表示该能量点和主反应中的第几个能量点对齐，第二个数字为其能量值。

2. 运行程序：python plotene.py [ene.txt]
需要Python3（查看版本：python --version），[ene.txt]指的是如果输入文件为ene.txt，可以缺省，不是要加方括号的意思！
本例会产生三个文本文件，依次是plot0.txt、plot1.txt和plot2.txt，分别对于上面的三条反应路径。

3. 绘图
打开Origin，新建三个workbook，分别将上述三个文件拖进workbook中，可以看到有5列数据用于作图，依次为横坐标、能量、折线风格、折线宽度和折线颜色。
点击Plot -> Line，选择Book1，标记X和Y分别为Col. A和Col. B，Add；如是添加三条折线。点击OK，应看到如下图片。

双击图例，在Plot Properties界面设置Style从Col(C) "LinTp"读取，Width从Col(D) "LinWdt"读取，在Color下拉菜单中选择By Points -> Direct RGB -> Col(E) "Color"。如是对三条能量折线进行设置。点击Apply，大功告成。是否需要坐标轴、坐标轴样式、图片横纵比，以及横线上的标签可另外进行设置，这属于基本的Origin操作，此处不再赘述。

本例不做任何其他处理的结果如下所示，RGB是随手写的，不代表本人审美。

脚本：

plotene.py (5.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)
输入示例：

ene.txt (202 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 46)
[2023-05-23 update]
同时生成scatter.txt用于绘制标签。

nianbin · 发表于 Post on 2023-5-19 13:38:48

不大圆润呀

Kalinite · 发表于 Post on 2023-5-19 14:43:20

nianbin 发表于 2023-5-19 13:38
不大圆润呀

可以提request

wangzhe · 发表于 Post on 2023-5-19 15:50:02

感谢推荐鄙人写的EnePro。

最近发现了一个绘制Energy Profile的程序：mechaSVG（https://github.com/ricalmang/mechaSVG），这个是我用过的最好用的了。在这里借楼推荐一下。
Windows用户可以直接使用作者提供的可执行文件。

ShuangfeiZhu · 发表于 Post on 2023-10-18 16:00:07

试用了mechaSVG，多条反应路径好像不好用？分享一下阿里云盘mechaSVG win软件和讲解视频
https://www.aliyundrive.com/s/moQ2nTdqS39
提取码: pz75

SYX_500241 · 发表于 Post on 2024-5-7 16:01:20

ShuangfeiZhu 发表于 2023-10-18 16:00
试用了mechaSVG，多条反应路径好像不好用？分享一下阿里云盘mechaSVG win软件和讲解视频
https://www.ali ...

你好链接显示该文件夹下没有分享的文件可以再发一次吗

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