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[CP2K] 求助:利用cp2k得到分子得pdos

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各位老师好,我想使用cp2k得到溶剂体系中每种分子的pdos应该怎么做啊(类似下图),我使用cp2k里面的命令输出pdos,但是那个是几种原子的

202308182105395335..png (264.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2023-8-19 04:57:56 | 只看该作者 Only view this author
按下文产生molden文件后用Multiwfn绘制DOS和PDOS。片段想怎么定义就怎么定义。CP2K自己的PDOS功能相对于强大的Multiwfn绘制DOS功能来说来说没有任何使用价值。
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 08:04:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 04:57
按下文产生molden文件后用Multiwfn绘制DOS和PDOS。片段想怎么定义就怎么定义。CP2K自己的PDOS功能相对于强 ...

感谢老师回复,我看了这两个推文,也做了一个molden文件但是还是有问题,麻烦老师帮我看看问题在哪
我首先利用下图一的过程生成1.inp得到1-RESTART.wfn
然后按照图二得到到2.inp
计算完成后得到molden文件
然后给molden文件加上盒子信息和有效核电荷数,但是用Multiwfn查看轨道信息时发现都是0
请问这个这个有什么问题嘛?

202308190802494975..png (66.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

图2

图2

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图1

图1

1.inp

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2.inp

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发表于 Post on 2023-8-19 08:43:22 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 08:04
感谢老师回复,我看了这两个推文,也做了一个molden文件但是还是有问题,麻烦老师帮我看看问题在哪
我首 ...

那叫博文或帖子,不叫推文

说清楚“轨道信息”具体指什么。如果是指轨道能量,用OT的时候是不产生轨道能量的,http://sobereva.com/651里明确说了:

用对角化时,轨道的能量会在SCF过程中计算并最终写入到molden文件里,然而OT方式的计算则无法直接向molden文件里写入轨道能量。molden文件里没有能量信息的话自然没法做牵扯到能量的分析,比如没法绘制DOS、STM图。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 09:11:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 08:43
那叫博文或帖子,不叫推文

说清楚“轨道信息”具体指什么。如果是指轨道能量,用OT的时候是不产生轨道 ...

感谢老师指正,那老师我按照上图2里面应该molden文件里面会有轨道能量信息啊,我的那个有什么问题嘛

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发表于 Post on 2023-8-19 09:22:50 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 09:11
感谢老师指正,那老师我按照上图2里面应该molden文件里面会有轨道能量信息啊,我的那个有什么问题嘛

你但凡打开inp文件检查一下就知道你的两个inp文件都是OT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 09:28:08 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2023-8-19 09:22
你但凡打开inp文件检查一下就知道你的两个inp文件都是OT

老师再博文里面不是说如果第二个读取第一个的wfn文件可以得到轨道信息嘛?

202308190927244745..png (98.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2023-8-19 11:34:06 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 09:28
老师再博文里面不是说如果第二个读取第一个的wfn文件可以得到轨道信息嘛?

前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道能量。你的截图里红框里的文字都明确说了要用对角化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 17:23:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 11:34
前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道 ...

收到,感谢老师回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-20 20:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 11:34
前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道 ...

老师您好,这个是我计算的PDOS,请问为什么得到这种结果啊?

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PDOS

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发表于 Post on 2023-8-20 22:31:54 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-20 20:58
老师您好,这个是我计算的PDOS,请问为什么得到这种结果啊?

很正常的结果,有什么问题么

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-20 23:06:30 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2023-8-20 22:31
很正常的结果,有什么问题么

感谢回复,我看文献里面在0左右趋于0,为啥我这个有这么大区别啊

202308202305494179..png (360.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2023-8-21 05:12:33 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-20 23:06
感谢回复,我看文献里面在0左右趋于0,为啥我这个有这么大区别啊

不同第一性原理程序用的能量零点不同,没有可比性。
要比也是把费米能级都平移到0点再比
另外,你应当要求CP2K计算出最低一批空轨道,否则DOS图没有非占据态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-21 09:09:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-21 05:12
不同第一性原理程序用的能量零点不同,没有可比性。
要比也是把费米能级都平移到0点再比
另外,你应当 ...

感谢老师,请问老师我能直接用origin处理费米能级到0eV嘛

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发表于 Post on 2023-8-22 05:07:45 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-21 09:09
感谢老师,请问老师我能直接用origin处理费米能级到0eV嘛

跟Origin没直接关系

Multiwfn里直接做平移就完了。直接输入费米能级值的负值就把费米能级值平移为0


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