在xtb跑了一段动力学轨迹，如何续跑？

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-7-20 21:37:58

在xtb中跑了time=100 ps的轨迹，想续跑到time=150 ps。是不是需要在md.inp文件中加入restart=true就可以了？输入指令还是xtb [].xyz --input md.inp --md --gfn 2 吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-21 19:02:34

这种问题试一下便知
前提是md.inp里设这次要跑50ps，而且当前目录下有mdrestart文件

lihao2690 · 发表于 Post on 2023-3-27 14:31:34

sobereva 发表于 2022-7-21 19:02
这种问题试一下便知
前提是md.inp里设这次要跑50ps，而且当前目录下有mdrestart文件

请教sob老师，如何看是不是续跑成功了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-27 15:39:14

lihao2690 发表于 2023-3-27 07:31
请教sob老师，如何看是不是续跑成功了

自己看输出文件来判断。没法把具体判断方法写出来，因为续跑不成功的可能原因太多了，没法列个清单让你一个一个检查，所以只能是你自己看输出文件输出的信息来判断

lihao2690 · 发表于 Post on 2023-3-27 17:19:17

wzkchem5 发表于 2023-3-27 15:39
自己看输出文件来判断。没法把具体判断方法写出来，因为续跑不成功的可能原因太多了，没法列个清单让你一 ...

感谢，输出文件，具体看哪个地方，如何看初始速度呢？在输出中没找到初始速度信息，求高手指点。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-27 19:19:31

lihao2690 发表于 2023-3-27 10:19
感谢，输出文件，具体看哪个地方，如何看初始速度呢？在输出中没找到初始速度信息，求高手指点。

上传完整的输入输出文件

lihao2690 · 发表于 Post on 2023-3-30 09:46:11

本帖最后由 lihao2690 于 2023-4-12 18:06 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-27 19:19
上传完整的输入输出文件

您好，我整理了下输入和输出文件，请见附件。其中original是初始计算文件，continue是续算的文件，0.xyz是初始结构，continue.xyz是第一次MD模拟结束后的最后一帧的构型。请您帮忙看下是否是正确续算了，多谢啦。

Daisy_zju · 发表于 Post on 2023-7-3 09:36:03

本帖最后由 Daisy_zju 于 2023-7-24 20:33 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-27 19:19
上传完整的输入输出文件

借楼请教一下，如果想用xtb先跑nvt后跑nve，是否是读取nvt模拟段的mdrestart后，在新的模拟中将nvt设置为false即可？xtb中nvt是什么控温方法？谢谢老师！
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确实是读取nvt的mdrestart后直接nvt false,查看out文件可以看到已经没有berendsen控温器作用且总能不变，温度逐渐稳定。

Daisy_zju · 发表于 Post on 2023-7-3 09:46:27

Daisy_zju 发表于 2023-7-3 09:36
借楼请教一下，如果想用xtb先跑nvt后跑nve，是否是读取nvt模拟段的mdrestart后，在新的模拟中将nvt设置为 ...

已经解决了，不好意思打扰了！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-3 15:23:00

Daisy_zju 发表于 2023-7-3 02:46
已经解决了，不好意思打扰了！

如果自行解决了自己提出的问题，必须把解决方案发上来，这样以后的人遇到类似问题，搜到这个帖子就知道怎么办了，不用单发一个帖子问

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