计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 735|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 请问在使用molclus做构象搜索时能用gaussian优化好的结构直接调用ORCA计算自由能吗?

[复制链接 Copy URL]

250

帖子

0

威望

1458

eV
积分
1708

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
如题,在sob老师的“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”一文中我已经顺利的做完了前三步。在第四步“用Molclus调用Gaussian和ORCA得到溶剂环境下的高精度自由能”的时候我想在计算不同溶剂环境中的自由能的时候用算第一个溶剂时优化完的gaussian结构直接在ORCA中使用不同的溶剂模型计算。但是如果手动将gaussian的结构提取出来用ORCA算的话又没法得到isomers.xyz,需要手动算出自由能、排序、归簇。请问能够在进行这一步的时候跳过gaussian计算的部分直接用已知的结构带入ORCA去算自由能吗?


5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-7-11 17:30:14 | 只看该作者 Only view this author
我刚刚在Molclus官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html里添加了1.10版,settings.ini里ibkout新增-1选项。对于调用Gaussian或ORCA的情况,ibkout设为-1时如果发现当前目录下有以前备份好的文件(如gau00002.out、orca00005.out),则Molclus会直接读里面的数据而不会重新计算(有template_SP.inp的时候照样会调用ORCA算单点)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

250

帖子

0

威望

1458

eV
积分
1708

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-12 01:14:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-11 17:30
我刚刚在Molclus官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html里添加了1.10版,settings.ini里ibkout ...

谢谢sob老师!这功能太方便了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 02:24 , Processed in 0.162136 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list