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[GROMACS] 求助:能量最小化时做的谐波约束大小怎么设置

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文献中提到的首先对DNA进行了500步最陡梯度和500步共轭梯度,并对DNA进行了500 kcal mol1 Å1谐波约束,然后在没有约束的情况下进行了1000步最陡梯度和1500步共轭梯度。

这个是我的mdp文件,我找不到设置约束力大小的参数。

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发表于 Post on 2023-7-13 12:25:54 | 只看该作者 Only view this author
网上问计算化学问题极其忌讳把英文原文机器翻译成中文,能回答你问题的人没有看不懂英文的。而且机器翻译各种**不通,比看英文原文累的多。

harmonic restraint明明叫简谐限制

搞清楚约束和限制的差别再说,你当前标题里问的问题从逻辑上都是完全错的
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

谐振势力常数在[position_restraint]字段里体现。通常根本不需要你自己改,用默认的就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-14 08:32:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-13 12:25
网上问计算化学问题极其忌讳把英文原文机器翻译成中文,能回答你问题的人没有看不懂英文的。而且机器翻译各 ...

好的,谢谢sob老师,抱歉犯了这种低级错误

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