高斯对单晶结构优化后，分子位置改变的问题？

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-15 15:15:04

本人在用高斯对尿素单晶结构进行几何优化后，发现分子的相对位置都改变了，已经不是原来的形状了。我主要是做频率计算的，这种改变的结构做的频率计算还能真实反应这个物质本身的一些性质吗？之前是没有优化直接做的频率计算，发现有很多虚频出现，但是通过几种不同方法来计算，理论上出现的一个峰都能和实验得到的相对应。优化后的再做频率计算误差就很大了。我想知道在这种情况下，是不是就失去了几何优化的意义了呢？

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-15 15:19:03

忘记了上传图片，现补上

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-15 16:02:26

你这是晶体优化还是就放了4个分子优化。。。

虎王 · 发表于 Post on 2016-5-15 16:25:40

zhyho00824 发表于 2016-5-15 15:19
忘记了上传图片，现补上

晶体里并不是只有这四个分子。如果只有这四个，拿他们倾向于以优化后的构型排列。

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-15 17:35:39

由于没有超算，用自己的电脑优化，只算了单晶结构，这个有很大的影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-15 18:37:02

四聚体是在真空下优化，没有像晶体中那样周围尿素分子与之相互作用束缚它的结构，显然构型会发生明显变化。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-15 19:38:39

zhyho00824 发表于 2016-5-15 17:35
由于没有超算，用自己的电脑优化，只算了单晶结构，这个有很大的影响吗？

你这哪叫单晶结构，最多最多是孤立的晶胞结构。用这个小团簇与晶体结构比较几乎毫无意义，除非搞一个足够大的团簇看中间部分。

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-16 14:19:55

对我模拟的就是一个四聚体的晶胞结构，我看很多资料上也是用一个晶胞或者是二聚体来优化的，他们也进行频率计算，但只是为了看优化有没有得到一个最小的能值点。如果用CRYSTAL软件来计算的话是不是会好点呢，可是目前没有这个软件

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-16 14:22:03

如果算一个大的晶体结构，gaussian还能胜任吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-16 16:08:12

zhyho00824 发表于 2016-5-16 14:22
如果算一个大的晶体结构，gaussian还能胜任吗？

高斯有PBC功能，但是优化个三维大晶胞，绝对没戏。只能从晶体中提取多聚体来优化当孤立体系处理，但此时得到的构型必定和晶体中不同，一个是真空环境一个是晶体环境，差老远。

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-8-6 15:19:35

要考虑晶体周期性边界条件的话，看来只有用CRYSTAL等其他软件来做了。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 高斯对单晶结构优化后，分子位置改变的问题？

浏览过的版块