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[VMD] vmd有批量保存trr轨迹的方法吗?

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我的体系里有10个分子,共10000帧,我想分别保存这10个分子的全部轨迹到trr文件(生成每个分子的10000帧的10个trr文件),请问该如何做到?

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发表于 Post on 2023-7-13 12:56:21 | 只看该作者 Only view this author
写个VMD tcl脚本,循环每个分子,里面用atomselect选中相应分子成为对象,假设叫atomselect0,然后atomselect0 writetrr $i.trr保存成trr文件,其中$i是相应分子序号变量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 15:26:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-13 12:56
写个VMD tcl脚本,循环每个分子,里面用atomselect选中相应分子成为对象,假设叫atomselect0,然后atomsele ...

好的,我试一试,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-14 19:20:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-13 12:56
写个VMD tcl脚本,循环每个分子,里面用atomselect选中相应分子成为对象,假设叫atomselect0,然后atomsele ...

请问该如何选中所有帧呢?我输出的trr文件只有一帧。

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发表于 Post on 2023-7-15 08:58:10 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2023-7-14 19:20
请问该如何选中所有帧呢?我输出的trr文件只有一帧。

诸如animate write trr {D://t2.trr} beg 10 end 202,保存10到202帧到trr里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-15 14:44:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-15 08:58
诸如animate write trr {D://t2.trr} beg 10 end 202,保存10到202帧到trr里

这样该怎么选择保存指定的分子呢?我用这个命令就把整个体系的trr文件全保存了..........(我在打开File>Log Tcl Commands to Console之后发现我手动一个分子一个分子保存trr的时候命令行根本没有选中指定分子的操作,只有animate write trr {G:/RMSD/2.trr} beg 0 end 50000 skip 1 0 这样的命令)

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发表于 Post on 2023-7-15 18:54:16 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2023-7-15 14:44
这样该怎么选择保存指定的分子呢?我用这个命令就把整个体系的trr文件全保存了..........(我在打开File> ...

看手册animate部分


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-15 22:57:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-15 18:54
看手册animate部分

好的,谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-16 03:32:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-15 18:54
看手册animate部分

还有一个小问题就是animate命令的保存文件名那个地方没法参与到for循环里........比如我在循环里将文件名命名为$i.trr它不会跟着循环自动变成1.trr、2.trr..........而是最终会输出为唯一一个名字叫$i.trr的文件

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发表于 Post on 2023-7-16 07:11:33 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2023-7-16 03:32
还有一个小问题就是animate命令的保存文件名那个地方没法参与到for循环里........比如我在循环里将文件名 ...

别用花括号,没法被转义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-16 13:11:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-16 07:11
别用花括号,没法被转义

好的,完美解决!谢谢社长。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-16 13:12:12 | 只看该作者 Only view this author
在此附上批量保存trr轨迹的代码:
for {set i 0} {$i<10001} {incr i 1} {
atomselect top "resid [expr $i+1]"
animate write trr [expr $i+1].trr beg 0 end 50000 sel atomselect$i
atomselect$i delete
}

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