蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？

rinz · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 rinz 于 2025-8-6 00:52 编辑

结合能绝对值正常范围是多少，我这种-220KJ的是不是异常数据

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 rinz 于 2025-8-8 21:01 编辑

这是我配体和蛋白的结构，还有MMPBSA最后10ns的数据

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 17:32 编辑

楼主麻烦改一下标题，具体描述问题
详见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
就写一个gmx_MMPBSA没人知道你想问什么、能不能提供有用的信息，还要劳烦管理员去修改，以后不要再犯

rinz · 发表于 Post on 7 day ago

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:31
楼主麻烦改一下标题，具体描述问题
详见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
就写一个gmx_MMPBS ...

好的，改了第一次发帖

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

rinz 发表于 2025-8-5 17:37
好的，改了第一次发帖

没事，下不为例

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 23:14 编辑

关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点，一个几十原子的小分子和一个几千原子的小蛋白质这个结合能就会有点夸张（我也不是很确定），但是大很多的体系就不一定了

---
edit：致歉，理论上结合位点和体系大小无关，根据体系大小和我自己的那点经验来判断显然是不合适的
我想问的可能更多是楼主能看到什么样的相互作用、有几处、多强

rinz · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 rinz 于 2025-8-5 18:02 编辑

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:44
关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点， ...

蛋白和配体的体系，蛋白是一万个原子，配体是六十个原子。这种体系出来的结合能-220KJ正常吗

student0618 · 发表于 Post on 7 day ago

MMPBSA is very sensitive to charge, is it a charged system?

It is also a good idea to inspect the trajectory and check if the binding is reasonable.

Also you better use at least 100 frames for the calculation.

rinz · 发表于 Post on 7 day ago

student0618 发表于 2025-8-5 21:50
MMPBSA is very sensitive to charge, is it a charged system?

It is also a good idea to inspect the ...

My ligand has a positive charge

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 dodobird1 于 2025-8-5 22:41 编辑

rinz 发表于 2025-8-5 18:00
蛋白和配体的体系，蛋白是一万个原子，配体是六十个原子。这种体系出来的结合能-220KJ正常吗

一般来讲不正常
步长是多少？力场呢？

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系特征观察清楚，从而评判这个数量级是否合理。光给出个数值，缺乏对体系结构和相互作用特征的具体描述，没人能确切告诉你是否合理。怕描述不清楚就直接把结构文件作为附件上传。
这就跟问诸如pi-pi堆积有多强一个道理，苯-苯之间的pi-pi作用和两层大片石墨烯之间的pi-pi作用根本不是一个数量级的（参考：《谈谈pi-pi相互作用》http://sobereva.com/737），像是pi-pi作用达到100kJ/mol既可能是算错了也可能本来就是那么强。

wbqdssl · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 wbqdssl 于 2025-8-5 22:53 编辑

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:44
关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点， ...

想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。对于同一个蛋白靶点，有两个IC50或Ki相差1000倍以上（甚至10000倍）的配体（配体原子数可能只差十几个），理论上说结合自由能会差很多。而这种情况下体系大小差别并不大，怎么解释呢？
此外，在我实际计算时，体系是不带电配体（60原子左右）和蛋白结合（九千多原子），算出来过很大的结合能（此图中是amber14sb，也有一些用CHARMM36M也能到-80甚至-90kcal/mol），如下图。但是我的配体和蛋白形成了接近五个强氢键，两到三个pi-pi stacking和其他一些疏水作用，这种的你认为正常吗？

mmpbsa_all.in (8.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

wbqdssl 发表于 2025-8-5 22:43
想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。 ...

致歉，我当时说的不是很准确，严格来说就是看有哪些相互作用的位点，虽然大体系理论上结合位点会偏多一点，但是如果你的小体系可以找到多个强相互作用能、自己拿可视化软件证实了这一点的话也是没有问题的。这个真的只能具体情况具体看

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

好的，谢谢老师。

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

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[GROMACS] 蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？

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