使用gromacs进行分子动力学模拟结束后观察结果遇到蛋白质和配体分开的问题

lmtt

各位老师好，蛋白配体复合物的md模拟完之后，打开md.gro文件发现一点蛋白质在盒子外边，并且蛋白质和配体分开了（如下图），检查轨迹的时候发现蛋白质和配体并没有分离的情况，请问，这种情况是怎么回事啊？是正常的情况吗？

sobereva

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

比如有多条链的蛋白、蛋白+配体复合物、含有两条链的核酸，这种情况可能模拟中途只有其中一部分跑出盒子而另一部分还在盒子内，光是用-pbc mol保持单分子完整的话此对象的不同部分还是分家的，对这种情况需要用gmx trjconv结合-pbc cluster让指定的组在轨迹中一直保持完整

lmtt

sobereva 发表于 2024-11-14 11:17
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

谢谢老师指点！