公社群聊Q&A整理：2016.08.03 18 ~ 2016.08.08 17 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-8-15 02:14:18

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2016.08.03 17:20:26
Q:
[图片]
就是实验上有测得的HOMO LUMO能级，我理论计算的吻合不上
A:
实验上测不到HOMO、LUMO能级，没有可比性。或许你以为某实验数据得到的那是HOMO、LUMO能级，但根本就不是。
Q:
老师，循环伏安法是怎么算的呀？
文章是用循环伏安法算的[图片]
A:
这都在瞎扯，循环伏安法根本没法测HOMO、LUMO
跟电极电势直接相关的是溶液下氧化、还原过程的自由能变。HOMO、LUMO那是烂爆的近似
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2016.08.03 17:40:27
Q:
请问各位大神，看网上说用gview画双自由基只需要删除氢原子，修改下自旋多重度就可以，是这样的吗？
那自由基该如何画呢？
A:
怎么画要看你的体系，到底是什么样的。你那种做法绝对没戏。
我博文里用丁烷双自由基的例子已经展现得很清楚了
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2016.08.03 18:02:37
Q:
请教一下，mmpbsa方法中，把结合自由能分解到各个残基的原理是什么？
A:
因为常用力场都是对势，所以很容易就能分解出残基-残基原子间的相互作用
Q:
谢谢老师，那么，残基与配体之间的空间位阻作用，能用什么来衡量吗？
A:
位阻作用也体现在LJ势的互斥部分了
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2016.08.03 18:31:07
Q:
老师您好，我用fchk文件，产生自旋密度的cube文件时老是出错，用的命令是cubegen 0 spin 1.fchk 1-spin.cube 0 h &，出错信息是： [yuanxiangai sp]$ FCGetN: Type=" " Flag=" "
FCGetN is confused.
Error termination via Lnk1e at Wed Aug 3 12:26:42 2016.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000d9aca8, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000005251, rsp 00007fff527952a8, rbp 00007fff52795300
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005251, r8 00002b1427ea2620
r9 0000000000000000, r10 00007fff52795030, r11 0000000000000202
r12 00007fff5279544f, r13 00007fff52795530, r14 00007fff52795578
r15 00007fff52795400
--- traceback not available
[1]+ Aborted (core dumped) cubegen 0 spin 1.fchk 1-spin.cube 0 h
请教这是什么原因
A:
用Multiwfn产生自旋密度格点数据、绘制自旋密度图
甭用cubegen那个傻东西
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2016.08.03 22:55:27
Q:
请教前辈：DFT方法气相优化的构型，可以直接使用CASPT2进行溶剂模型下单点校正自由能吗？
A:
“溶剂模型下单点校正自由能”到底指啥？溶解自由能？自由能热校正量？溶解自由能+自由能热校正量？
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2016.08.03 22:59:07
Q:
群里有没有人扒下过gamess的双电子积分的代码？
A:
那个估计不好扒，千丝万缕联系。倒是可以考虑把atmol里专门计算积分的integw.f改造一下，才5000行，且和其它模块之间没有任何耦合。
在免费的SAPT程序包里带了atmol源码
Q:
sob老师，就是从SAPT里面找吗？
A:
恩
[图片]
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2016.08.04 00:47:07
Q:
Png但是分辨率不行哎，所以用了pdf
A:
png格式不可能分辨率不够，你自行把输出的像素改大就完了，像素大小的设定看手册2.8节
Q:
为什么pdf输出会闪退呢，试了好几次
可能文件比较大吗？因为png的图例字体不好改哎
A:
大抵是散点数目太多
你之后自行ps，或者放到origin里作图就完了
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2016.08.04 00:48:43
Q:
请教个问题，diffuse functions 的exponential是怎么定义的？
A:
弥散函数指数都很小。往往比同角动量次小的要小两倍左右。
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2016.08.04 01:14:10
Q:
使用软件构象搜索的时候，如何设置二面角才能有效防止构象搜索不全或者有些重要构象的遗漏，看到有文献比较了一些软件，有些情况下有些会遗漏比较重要的构象。有什么比较好的文章或者文献吗。
平常使用HeperChem进行的构象搜寻。
A:
你只能根据要旋转的键的特征来设定扫描方式
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2016.08.04 01:16:29
Q:
老师，我在优化一个反应，把两个反应物放在一起，作过渡态之前的复合物优化，怎么都不收敛，我需要根据产物适当的拉长一下在过渡态中断键的那个O-H键吗？
A:
拉那个毫无用处
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
这是两次复合物优化报错提示，都是说优化到一定结构就出错[图片][图片]
A:
opt=cartesian
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2016.08.04 01:20:00
Q:
请问老师，如果想得到 overlap population结果，做NBO分析需要加什么关键词？
A:
跟NBO毛关系也没有。用Multiwfn做
原子间重叠布居就是mulliken键级，multiwfn主功能9的选项4做
为什么老是想到NBO，分明用处很小
----------------------------------------------------
2016.08.04 01:46:24
Q:
[图片]大家帮我看看我这里输入哪里错了？一直提示有错
A:
M052X
Q:
没有-吗？
我直接从博客里拷贝过来的，谢谢老师
终于对了
非常感谢，
A:
写关键词不可自由发挥，要看手册
----------------------------------------------------
2016.08.04 02:05:37
Q:
请问：gview中怎么调一下分析图形的分辨率
分子图形
A:
file-save image file
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.04 03:24:34
Q:
[图片][图片]，[图片]请教各位，按博文中的安装的步骤来的，但是一直找不到，大家有什么建议吗？
A:
gmx mdrun
Q:
[图片]，谢谢，老师，已经找到了，但是下面的用户输入有错是我安装过程出错了吗？
A:
参数不对
Q:
环境变量参数？
A:
mdrun后面得接参数啊
要不然程序哪知道该做什么
----------------------------------------------------
2016.08.04 04:45:20
Q:
老师，请问什么是van der Waals DFT？
A:
[图片]
Q:
，那请问VASP软件包中支持的吗？
A:
一搜不就知道
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.04 04:54:15
Q:
金属键的强弱比较用哪个键级比较好？
Laplacian或者Wiberg是不是都不大适合。
A:
没有能和金属键强度（比如键能）直接关联的键级定义
----------------------------------------------------
2016.08.04 05:02:34
Q:
老师，高斯跑IRC时，脚本中需要输入gfinput pseudo=read吗？
A:
写gfinput干嘛？
不用赝势时不要写pseudo=read
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2016.08.05 03:55:52
Q:
弱弱的问一下我Gaussian在输入文件里写了opt=cartesian了输入文件分子的坐标也是cartesian坐标，输出文件还是出错图示我 Error in internal coordinate system. 这个怎么救？
[图片]
A:
帖关键词
Q:
# opt=(calcfc,qst3,cartesian) b3lyp/6-311+g(3df)
这是我输入的关键词
A:
甭用QST3
给B3LYP用这基组找过渡态是白浪费时间
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
我看到类似的文献里就是用的这个基组所以就用一样的，我去细读一下博客，感谢
A:
滥用基组是文献中普遍现象
Q:
[图片][图片][图片] 以上三个图分别是我之前加了opt=cartesian以后，energy vs step N, 和 max force vs step N 还有RMS force vs step N ，能量优化确实好了不少，一直降低，但是其他两个好乱啊，是不是意味着最终还是不会收敛的？
A:
直接用gview显示多好
不用管后两个，看轨迹结构变化判断是否收敛有戏
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2016.08.05 04:21:33
Q:
各位老师同行，在默认情况下高斯模拟计算的环境温度是为绝对零度吗？
gaussian 03也是这个条件吗？
但是一个审稿人给了我这么一条意见：[图片]，这是怎么回事？
这是我投工程热物理年会审稿人给的一条意见，是审稿人错了，还是我记错了?我记得也是298.15K，1atm？将来还打算将结果进一步写成文章，希望得到大家的指导。
A:
审稿人完全胡说八道
做振动分析默认是298.1K 1atm
不做振动分析时根本就没有温度的概念
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2016.08.05 04:28:17
Q:
老师通过gaussian计算能够预测自由基形成的位置吗？
A:
随便示例一下，也可以中间的碳上去氢
没法设成默认勾选
----------------------------------------------------
2016.08.05 06:03:16
Q:
orca用def2tzvp速度比gaussian大概快多少
A:
关键看你用什么级别，是否开启RI
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2016.08.05 06:12:58
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
multiwfn!=multi
用VMD直接就能同时显示两个cube文件的等值面
----------------------------------------------------
2016.08.05 06:12:58
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
小木虫那是胡说八道，减小步长更解决不了此问题
Q:
谢谢，我翻到一个国外的网页，其中也说到可以试试增加步长，而不是缩小3q
----------------------------------------------------
2016.08.05 06:47:35
Q:
请问老师Gaussian有对坐标的三阶解析导数么…
A:
[图片]
Q:
对什么是通用的？
呃…我是说，对坐标和对电场是一样的？
A:
通用
----------------------------------------------------
2016.08.05 08:02:36
Q:
批处理，一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件，开始执行后增加新的任务，会在原有所有任务都结束后继续执行这个添加的任务吗。
A:
不会
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2016.08.05 16:57:02
Q:
orca有没有和gaussview一样的图形界面？
A:
无
gabedit、chemcraft算是个半吊子第三方GUI
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2016.08.05 17:12:49
Q:
各位老师，麻烦请教个问题/抱拳跑IRC的时候只跑了两个点就出来了，之前试过调整步长，用calcall, 用GS2，这次用的LQA还是不行，请问各位老师有没有什么好的办法？谢谢大家
输入：
%NProcShared=8
%chk=TS-N2C4H11+NO2-r200LQA.chk
%mem=20GB
#p B3LYP/6-311++G(d,p) IRC=(RCFC,maxpoints=200,maxcyc=400,stepsize=50,reverse,LQA) iop(1/11=1) guess=read geom=allcheck
输出：
N-N= 5.023970017243D+02 E-N=-2.113336330240D+03 KE= 4.718930241489D+02
Exact polarizability: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Approx polarizability: 211.559 17.738 161.179 36.563 13.363 147.201
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link 601 at Thu Aug 4 14:17:38 2016, MaxMem= 2684354560 cpu: 1.5
(Enter /public/home[表情]chen/software/Gaussian09D01//g09/l9999.exe)
This type of calculation cannot be archived.
IF THERE IS ONE WAY BETTER THAN ANOTHER IT IS THE WAY OF NATURE.
-- ARISTOTLE
Job cpu time: 0 days 0 hours 8 minutes 56.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 38 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 09 at Thu Aug 4 14:17:38 2016.
各位老师，麻烦请教个问题[表情]跑IRC的时候只跑了两个点就出来了，之前试过调整步长，用calcall, 用GS2，这次用的LQA还是不行，请问各位老师有没有什么好的办法？谢谢大家
A:
[图片]
提高过渡态定位精度，还不灵就加大步长。没别的办法
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2016.08.05 18:29:13
Q:
[图片]我想请教下我建立了这样一个阳离子但是明明保存的时候共轭键是单键的但是保存后再打开就成了共轭键除非保留geom=connectivity 这个关键字才行不知道出现这样的情况是因为什么原因这个键型的变化对结果有没有影响。我看网上有人说量化里什么键型是不重要的不知道对不对希望各位老师不吝赐教希望sob老师能给予指导再次感谢
A:
[图片]
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2016.08.05 18:59:08
Q:
请问这样的图[图片]怎么变成这样？[图片]呢？
A:
减小FWHM
Q:
origin的带宽怎么调？
A:
origin里没法调，是在multiwfn里调
Q:
这样[图片]？
有没有可能把黑线调矮一些
A:
peace 调节右边的坐标轴范围就完了
黑线高度对应振子强度，即右边坐标轴
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2016.08.05 19:03:31
Q:
请教各位老师、我用orca计算49个原子的过渡态优化、每次算到hess都出错，但是算73个原子的过渡态优化却可以正常运行下去？这是什么原因啊？我的命令都是一样的
A:
ORCA算hessian的数值上的稳健程度高斯没法比。找TS能用高斯就用高斯。
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2016.08.05 19:10:00
Q:
sob老师，有没有关键词让gaussian取消积分屏蔽
A:
可尝试novaracc、int=acc2e=12
Q:
嗯嗯
novaracc直接报错
A:
scf=novaracc
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2016.08.05 22:40:38
Q:
请问对TCE分子 opt+freq,输入为#p opt freq pbe1pbe/6-31+g(d) geom=connectivity。结果报错[图片]请问是什么原因？怎么解决？
谢谢，显示的 bend failed for angle是说角度成180度吗？
A:
opt=cartesian
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2016.08.06 00:40:57
Q:
请教各位大神，高斯程序里加偏压Field=x+0.0025关键字计算能量，跟不加电压直接计算能量对于100+含Fe的分子体系一般能有多大区别？高斯的这个关键字能真实模拟加偏压的效果吗？
我试了，结果发现加Field=x+0.0025后，log文件显示正常结束，可是密立根自旋分布很诡异，H原子上为0.5+，所以我很怀疑是不是我关键字用的不对
还是我根本不应该用密立根自旋分布作为我判断结果是否可靠的标准？
A:
叫马利肯不叫密利根
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
用Multiwfn直接做个加电场前后的密度差图，或者自旋密度图，是否合理一看就知道
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
请问在高斯计算能量的过程中，施加电场会对原子上的自旋密度分布有特别大的影响吗，比如氢原子，在我计算的一个例子中总自旋密度为4，而如下（99H）数目却很大，[图片]
A:
可能有明显影响。
才0.54，算不上多大。
看自旋密度图，甭光看布居数
----------------------------------------------------
2016.08.06 02:37:56
Q:
请问老师，scan是从产物优化好的结构开始扫，还是从优化的中间结构还是扫？
找过渡态呀
有更好的方法找过度态没
柔性扫描用谁做起始结构影响不大，刚性扫描对找过渡态几乎总是没用的
嗯，好的，是从优化好的产物开始吗
最好从反应物
沿着断键的方向进行扫描
从断键方向指向成键方向扫描@csu有机-罗
好的，我之前都是从产物开始的
A:
从产物扫和反应物扫都可以。量化计算里只不过是俩极小点，并不区分反应物和产物。
Q:
ok，谢谢sob
因为计算的有个硬是找不到过渡天，所以问问有没有可能从反应物和产物找过渡态，有不同
A:
只要中间只隔一个过渡态，哪边扫都一样
----------------------------------------------------
2016.08.06 05:53:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
刚发现还有这么本书
http://item.jd.com/11828069.html
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.06 06:05:19
Q:
麻烦问一下:如何将苯分子置于晶胞中心？
谢谢
不好意思，我说的是在MS中，没有说清楚
MS中如何将苯分子置于晶胞中心？
麻烦指点一下，小弟在此先谢谢了
A:
选中分子，按住shift+alt拖动到中心即可
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2016.08.06 06:29:35
Q:
使用QM-MM模型（pm3:amber）进行metadynamics simulation得到的酶促反应过度态，是不是比较准确？
比oniom 方法势能面上的过渡态。
A:
前者得到的是自由能面的过渡态，虽然由于噪音，定位不可能像ONIOM在势能面上找TS在数值角度上那么精准，但是原理上更有意义
毕竟严格的TS是自由能面上的一阶鞍点
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2016.08.06 06:51:52
Q:
看到一个论文的草稿。。又是铺天盖地的公式
[图片]
这才是真正的量化啊[表情]
[图片]
双电子积分
A:
hardcore
Q:
铺天盖地，写了好几百行
[图片]
太不清楚了
[图片]
斗图的节奏啊
唐先生的伟大在于传授远播理论与计算化学
徐光宪先生呢
想起之前跟一个大牛聊过天，大牛已经算是很厉害了（国际量子分子科学院院士），他提到某人的1992年国际量化的文章，说“我一个字也看不懂”
徐先生，我不太清楚
A:
[图片][图片]
Q:
妈呀，这公式看着就头大
A:
陈景润《大偶数表为一个素数及一个不超过二个素数的乘积之和》
----------------------------------------------------
2016.08.06 17:07:59
Q:
[图片]
大家好，请问下gromacs中，设定的是300K，为什么实际温度不符合呢？
A:
考察温度变化曲线
Q:
[图片]
sob老师，温度变化曲线做出来是这样的@SoberPseudo
[图片]
这是我的部分参数文件，我想进行的是退火的模拟
还请sob老师多多指教
A:
在退火设定中把之后一直设成300K，即三个退火点
Q:
[图片][图片]sob老师，打扰您一下，在退火模拟中，按您说的增加了退火温度点，还是有点问题呀，3000ps后温度又散乱了，还请您多多指教。@Sobereva
A:
仔细看输出文件，会显示当前步的参考温度是多少，看有没有异常
----------------------------------------------------
2016.08.06 18:12:27
Q:
请问，用
b3lyp/6-31g(d) 计算RESP电荷，和用HF/3-21*计算RESP电荷
区别应该不大吧？
A:
大
3-21G*对第二周期没有极化
----------------------------------------------------
2016.08.06 18:47:32
Q:
老师，先在气相中找到过渡态，得到一个好的构型，然后再在液相中找过渡态。。。。。那是用气相过渡态的gjf构型，还是out构型，哪一个更合理？
A:
当然是out
通常没必要分两步，直接液相中找就完了，比分两次弄总耗时更低
----------------------------------------------------
2016.08.06 18:53:50
Q:
[图片]，老师，我的作业放到服务器上我什么出现了这种M
A:
dos2unix转换一下
----------------------------------------------------
2016.08.06 19:15:59
Q:
老师您好，想问一下在算td opt 的时候结构总断键这个问题如何解决
A:
意义不明
----------------------------------------------------
2016.08.06 19:52:59
Q:
请问老师ts 方法寻找过渡态的时候出现这种错误是什么原因呢
[图片]
/发呆那怎么解决呢
[表情]那怎么解决呢
A:
上传输出文件
去掉geom=allcheck，自己写坐标
[图片]
Q:
好的，谢谢老师
A:
对不存在的文件做IO（输入输出）操作
明显是之前根本就不存在这个chk文件，还妄图从中读结构
Q:
但是有这个chk文件欸
之前意外中断了，我想接着算
A:
老老实实写坐标
----------------------------------------------------
2016.08.07 05:05:52
Q:
[图片]
[图片]
第一张是输入文件，第二个图是输出文件报错，请问大家有知道是什么错误？我找了些文件没找到解决办法
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
sobereva.com/61
/偷笑这个问题恐怕会一直萦绕在每一个量化人的心间
改过几次，还是l502........
试着修改几个关键词……
A:
出博文里列出的做法囊括一切有可能解决SCF不收敛的方法，包括最困难的情况。不存在博文里没列出的但有可能解决SCF不收敛的方法
Q:
/偷笑试着不用cam-b3lyp？
A:
拿cam-b3lyp优化基态是很糟糕的选择
没事非要用CPCM也是很糟糕的事情
殊不知高斯里CPCM对于中性体系用的scale factor都是错的
Q:
我觉得用cam-b3lyp还不如用b3lyp
A:
然
----------------------------------------------------
2016.08.07 05:15:24
Q:
长春正在下雨
/偷笑问一个二次元的问题，明明主角是穗乃果，为什么大家却并不喜欢她……
A:
并非大家不喜欢她，只不过相对其她人来说人气相对一般
多数作品里都是配角或非center更有魅力，主角或center往往设定偏普通、大众化。lovelive sunshine也是，偶像大师灰姑娘女孩也是
Q:
/强/强/强
大家纷纷看齐妮可，也有喜欢海爷和小鸟（比如我），甚至连花阳和希都有人喜欢，但是果皇大家都说要承包，却很少有人公开……
立此为据，小鸟我承包了，镜音铃我也承包了，都不要和我抢
A:
希怎么能说“甚至”
相对其她人，光是想想果果当gf都会有点违和感
Q:
我觉得希比俄罗斯血统还要那啥，塔罗牌和没事儿袭胸的小动作让我觉得这只能出现在二次元……
nozomi大魔王
公然在这里讨论好么[emoji]……
别的都挺高
(不过花阳cv人气不差)
A:
nico>=nozomi>maki>=eri>=kotori>=umi>honoka=rin>=hanayo
Q:
那为什么人气最高的妮可排在最后呢？
那为什么人气最高的妮可排在最后呢？
明明最出彩的是妮可……
这一定是群主个人的评价
【群主】Sobereva(190258442) 21:32:28
nico>=nozomi>maki>=eri>=kotori>=umi>honoka=rin>=hanayo
A:
然
Q:
很惭愧，二次元是什么？
是一部小说？一个游戏？一部电影？
一部漫画?
还是，一种哲学流派？
无数部小说，无数部游戏，无数部电影，无数部漫画，多种艺术流派的表现窗口
无数部小说，无数部游戏，无数部电影，无数部漫画，多种艺术流派的表现窗口
一个软件？
完全被弄糊涂
A:
粗糙来说，日系ACG及衍生物所展现的世界
----------------------------------------------------
2016.08.07 05:36:28
Q:
sob老师，这边文献里说计算得到Np、Pu在D2h，D无穷h场中的能级分裂情况，请问是怎么得到的呢？如果我计算Np、Pu和一些配体形成配合物，log文件里输出的应该都是金属和配体组成的分子轨道，如何获取金属离子的能级分布呢？
A:
你可以看看NBO程序输出的d轨道对应的NAO能级，看是否能描述分裂
Q:
关键词用pop=NBO？
A:
y
Q:
这是f轨道，而且只有一两个电子，多数是空轨道，空轨道不是不适合做ＮＢＯ吗
A:
没这说
Q:
我计算Oh点群，[FeCl6]3-，按理说6轨道分裂，t2g的dxy，dyz，dxz能量要低，eg的dx2-y2,dz2能要高，但我看alpha轨道NAO能级却相反，请问为之奈何？
13 Fe 1 dxy Val( 3d) 0.99289 0.01444
14 Fe 1 dxy Ryd( 4d) 0.01074 1.01189
15 Fe 1 dxz Val( 3d) 0.99289 0.01444
16 Fe 1 dxz Ryd( 4d) 0.01074 1.01189
17 Fe 1 dyz Val( 3d) 0.99289 0.01444
18 Fe 1 dyz Ryd( 4d) 0.01074 1.01189
19 Fe 1 dx2y2 Val( 3d) 0.99692 -0.02711
20 Fe 1 dx2y2 Ryd( 4d) 0.00755 1.39918
21 Fe 1 dz2 Val( 3d) 0.99692 -0.02711
22 Fe 1 dz2 Ryd( 4d) 0.00755 1.39918
d轨道分裂，打错了
A:
说明此方法行不通
也可尝试把配体用背景电荷表示，更好的做法是尝试GAMESS-US的片段有效势来表达配体
Q:
背景电荷？之前没接触过，老师有相关的博文之类的学习资料吗？
A:
charge关键词
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2016.08.07 06:00:10
Q:
请教老师及各位，我在gaussian采用pbeh1pbe方法及6-31G（d,p）基组，一直报错，显示：[图片]
请问是因为节点内存不够的原因吗？
A:
加大%mem
----------------------------------------------------
2016.08.07 07:06:47
Q:
老师，您好！请教您两个问题：（1）现在我有这样一个四配位的配合物[图片]，是否可以计算一下静电势的极大值来说明其中心金属的Lewis酸性？（2）或者算四配位的Parr函数，来说明其亲电性？谢谢
A:
1 可以
2 甭用那个parr函数。可以算局部亲电指数。
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.07 12:32:40
Q:
各位老师：
用gauss 寻找过渡态，分别优化反应物和产物的结构，结果反应物的结构变成了产物，断开的化学键自动连接了请问是什么原因？
非常非常感谢
反应物是产物copy过去的
A:
意义不明
什么叫copy过去，拿产物的结构当初猜优化完了当然还是产物
----------------------------------------------------
2016.08.07 16:08:22
Q:
谁能帮忙下载一篇文章，多谢。因出差在外，不能自己下载。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021967316309736?via%3Dihub
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
能加分吗？
A:
很少有这种机会
Q:
扣分年底清零么？
A:
不清
Q:
哪可以查到违规记录啊？
A:
群主的小本本里
----------------------------------------------------
2016.08.07 17:21:31
Q:
research gate 上传自己论文可以吗？会不会侵权
A:
可以传，目前没人管
----------------------------------------------------
2016.08.07 17:34:10
Q:
sob老师，问你个问题，想着把宏观动力学实验和微观量子化学结合，先用量子化学计算各种反应路径，从中得出反应机制，进而根据反应机制建立模型回归实验数据。通过比较两者活化能判断反应机制是否合理。这样方法您觉得可行吗？如何理解理解量化计算的活化能和实验回归的活化能？
A:
如果你指的活化能是阿伦尼乌斯公式里的那个活化能，即便是量化研究，这个活化能也不是直接算出来的，而是通过量化算的k与T的关系拟合出来的
直接比量化算的和实验的k就完了
Q:
主要是液相,气象您推荐的K那个软件可以，可是液相比较复杂，我也看到过有人用最简单的TST公式计算，就是kb/h*自由能差值的自然指数项，总觉着不靠谱。阿尼乌斯这歌活化能不能和计算的反应活化能对比吗？如果温度接近298K，1atm呢？pad打字比较慢。。。
A:
阿伦尼乌斯是表观的经验公式，只是个函数形式，参数都是拟合的不是算出来的，根本从原理上就没法比
液相通常用隐式溶剂模型就完了，步骤一样
Q:
嗯，但是这个函数形式和本征动力学的还挺像的，我想如果能排除传质的影响，如果反应机制正确的话，这参数应该是接近的吧。另外，液相分配函数的计算好像和气象的有些出入吧？
A:
没有出入
----------------------------------------------------
2016.08.07 22:58:10
Q:
在做高激发态构型优化的时候，随着构型变化所指定的激发态对应的轨道跃迁总是会变，变得乱七八糟，完全不是预计的跃迁了。请问老师有没有办法解决这个问题？
多谢。高斯里的激发态是按跃迁其能顺序指定的，究竟有没有办法通过指定跃迁轨道来指定啊？
A:
没法按照轨道跃迁来指定。
一开始结构下选的第i激发态，优化过程中就会一直在这个透热势能面上优化，在最后的结构下未必是第i激发态。随着几何结构的变化本身跃迁组成也会变，也未必你最终想要的结构下就有某个激发态有你希望的跃迁方式
----------------------------------------------------
2016.08.07 23:01:42
Q:
Gamess 计算这是什么错误
[图片]
同样的基组，同样方法Gaussian并不会报错，为什么
Gaussian能做，Gamess不能做/疑问
Gaussian能做，Gamess不能做[表情]
A:
贴出关键词。
貌似基组给太小了，导致空轨道太少。
Q:
CH4 ccd sto-3g
A:
基组太小了，肯定不行。起码也得3-21G
Q:
但是为什么Gaussian可以算
A:
程序成定使然
能算也不代表有任何意义
才一个空轨道，这叫T2算符怎么作用上去
Q:
怎么理解Gaussian的结果？
A:
没意义
----------------------------------------------------
2016.08.07 23:21:20
Q:
各位大神，不知道有没有人使用过amber和gaussian连用的，我这里amber使用的intel安装的，gaussian 09 是直接解压的，环境变量如果只设置amber可以使用，把gaussian 09 的加进入之后就提示sander: error while loading shared libraries: libsvml.so: cannot open shared object file: No such file or directory
我的环境变量设置如下：
#Gaussian 09
#export g09root=~/install
#export GAUSS_SCRDIR=${g09root}/g09/scratch
#source ${g09root}/g09/bsd/g09.profile
#AMBER12 and AMBERTools12
export AMBERHOME=/home/shims/install/amber12
export PATH=$PATH:${AMBERHOME}/bin
希望得到大家的帮助！谢谢
A:
自行找到libsvml.so所在目录添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里
Q:
请问
用amber做QM/MM/MD时，是从最初的最小化时就使用QM/MM模型，还是从生产相模拟时才开始使用QM/MM模型?
A:
尽量最开始QMMM优化
----------------------------------------------------
2016.08.08 00:23:31
Q:
老师：您好！NBO计算中有一个[图片]，，[图片]相互作用，这样作用合理吗？之前看到您说NBO计算时，有些输出不合理，所以想问问····
(整理Q&A) 老师是不是去掉+号就可以了改为6-311g（d，p）、6-311g*或者6-311g**就可以了
另外g* 那个*号代表什么？
极化和弥散？
A:
两个都带*就是不合理
Q:
*号和+号都代表弥散吗@鐧箪
A:
不要被误导
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.08 05:08:25
Q:
老师您的ppt讲义是不是能下载到吗？
A:
不可能
参加培训的也只能得到纸质版
只不过偶尔为了解答问题方便贴几张出来
----------------------------------------------------
2016.08.08 05:42:12
Q:
[图片] 41-49的跃迁轨道成分怎么计算？谢谢
老师论坛里有吗
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2016.08.08 06:30:54
Q:
首金诞生了
是呀紧张死了，本来没报多大希望
不敢看决赛，怕引出心脏病
我等非现充，奥运会还不如悠哉日常大王好看
new game也不错呢
A:
PS：《日常》比《悠哉日常大王》趣味性更强
Q:
我挺喜欢喵帕斯的……
名字就叫做日常吗？
今天把悠哉第一季看完了
马上追第二季
两季都看完了……我需要第三季
A:
PS：《男子高中生的日常》的趣味性甚至比《日常》更强
Q:
男日常很逗
[表情]一部一部地追
最喜欢喵帕斯去喂兔子时念的咒语一般的话
还有去看日出时唱的歌
A:
然
尤其是第二季
Q:
社长，七月番有什么推荐的么
点兔又是个什么鬼
[表情]刚刚百度
A:
7月番必看的：LoveLive!Sunshine!!、星之梦、食戟之灵贰之皿
强烈推荐的：半田君传说、齐木楠雄的灾难、亚尔斯兰战记风尘乱舞、禁忌咒纹
正追的（星之梦已完结）
[图片]
Q:
new game如何评价
终于明白大社长为什么我对于东条希不屑一顾如此反应剧烈了
A:
不错
Q:
[表情]大社长，南小鸟让给我，如何
A:
意志又不由我决定
----------------------------------------------------
2016.08.08 08:17:09
Q:
[图片]
[图片]
怎么办
怎么办
计算超极化率失败
计算超极化率失败
看最后
[图片]
[图片]
/抠鼻“最后”很难理解么
[表情]“最后”很难理解么
A:
输出文件传上来
如果只需要算单点，用独立的DFT-D3算校正能也行
----------------------------------------------------
2016.08.08 15:10:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Visualizing relativity: The OpenRelativity project
http://scitation.aip.org/content/aapt/journal/ajp/84/5/10.1119/1.4938057
有趣
----------------------------------------------------
2016.08.08 16:31:38
Q:
[图片]老师，通过multiwfn做出的基态和激发态的电子密度差图，绿色代表电子密度增加，蓝色代表电子密度减少，能够确定电子是从下面的苯环转移到上面的杂环呢？
A:
不好这么说。基本上还是局域激发。
Q:
化合物能产生荧光，想确定下面的的的苯环是电子供体，上面的杂环是电子受体，从这个密度差图上能得到这样的结论吗？
A:
不能
Q:
谢谢老师确定是从 homo跃迁到luma ,化合物的lumo 和 homo轨道 [图片] 如图。单从轨道分析是不是可以确定电子是从苯环跃迁到杂环呢？
我再看看密度差是不是做的有问题，谢谢了
A:
即便是看轨道也没法确切得到这个结论，尤其是把等值面数值稍微设大点再看估计更看不出来显著CT特征
直接计算两个片段原子电荷的变化一下就知道了
不要非要妄图往CT上归属
multiwfn里还有一堆定量分析CT特征的指标，看手册4.18节的各种例子
Q:
NTO分析的fchk文件用gaussianview观看[图片]homo,lumo的轨道能量怎么相同了？
A:
NTO哪有轨道能量概念
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
那叫本征值
Q:
谢谢sobereva老师，显然虽然我看了这篇文章，但是没弄懂。
A:
还有，HOMO、LUMO是对MO来说的，对NBO、NTO、NAO、LMO、NO等等都甭说HOMO、LUMO
Q:
应该说 NTO99 ——》 NTO100 对吧，谢谢老师提醒。
A:
y
Q:
NTO99 [图片]NTO100，[图片]，老师，从NTO的分析中可以看到S0-S1的跃迁电子云是从苯环到杂环移动了吧
轨道贡献只有70%多
NTO贡献，我可能求错了应该是92多[图片]
A:
并不明显
Q:
老师我不懂了，明显可以看出了苯环上的电子云密度少了很多啊
A:
贡献只有92%，而且少才少了一丁点，大部分都没动
Q:
那我可以解释这个现象呢？
A:
或许你能说有20%的CT特征，但因此就说此跃迁是CT，完全不靠谱
Q:
那我如果想解释荧光产生的原因，这块应该怎么描述才能说的通呢？
A:
又不是非得CT才有荧光
Q:
这是LE激发，垂直跃迁?
A:
显然就是个LE混杂着微量CT，要归属还是算LE
像这个，也是少量CT混杂的LE
[图片]
Q:
/强谢谢老师。那我从hole 和 electron考虑去解释。
[表情] 谢谢老师。那我从hole 和 electron考虑去解释。
我看文献上的贡献值都是99%以上，
A:
没有严格标准，只是个程度问题。但起码从electron-hole或密度差上看上去比LE特征强，计算片段的电荷转移量发现超过0.5，Multiwfn计算的D_CT较大（图上看正电和负电中心位移大）之类的才算是CT
Q:
老师，计算片段的电荷转移量如果计算，我把片段的mulinken电荷或者NBO电荷直接加和就可以了吗？
A:
世界上没有NBO电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
世界上也没有mulinken电荷
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