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北科大,计算机化学,教学内容,请提意见

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本帖最后由 yjcmwgk 于 2016-4-22 08:26 编辑

北科大化生学院,试图搞个《计算机在化学中的应用》,任务交给我了。
这是一门面对大三的,化学化工类本科生,专选课。

我拟了个教学大纲,各位提提意见?
谢谢哦!

还有几个问题啊,设想,你就是大三的本科生。现在开始选择:

(1) 设想,你就是大三的本科生。站在这个角度上看问题,教学内容是否合适?
A 内容太多了
B 内容有点多啊
C 刚刚好
D 内容有些单薄啊
E 内容太单薄了,都不够我一周的量

(2) 作为一个大三的本科生,你觉得:
A 内容挺偏啊,大部分内容不是我感兴趣的
B 内容有点偏啊,部分内容不是我感兴趣的
C 我对这些内容都很感兴趣

(3) 作为一个大三的本科生,你觉得:
A 我有百分之百的概率选择这门课程
B 百分之七八十的概率选这门课吧
C 百分之五十左右吧,看情况
D 百分之二三十吧,毕竟太多数学和计算机内容了,我怕我上不成
E 除非没别的课可选了,我才会选这门课
F 打死我也不选这门课

(4) 假设有一个一百人的化学班儿,这个班儿里:
B 我觉得会有七八十人选这门课
B 我觉得会有五十人左右选这门课
C 别想了,顶多三十人选这门课
D 这门课根本开不出来,因为选课人数肯定会低于十人

Ø  开课院系:化学与生物工程学院。
Ø  课程类别:专业选修课。
Ø  适用专业:化学相关专业。
Ø  考核方式:考查。
Ø  课内总学时:32。
Ø  学分:2。
Ø  理论授课学时:16。
Ø  实验学时:0。
Ø  设计学时:0。
Ø  上机学时:16。
Ø  先修课程:高等数学、线性代数、概率论与数理统计、有机化学、无机化学、分析化学、物理化学、结构化学、大学计算机基础。

一、教学目的

随着计算机科学与技术的高速发展及其与化学、应用化学、化工等学科的不断交叉、渗透与整合, 现代计算机技术正在上述专业的科研、生产、教学中起到日益重要的作用。计算机在化学、应用化学、化工专业的应用已不仅局限于传统的办公、图形处理等范围。在化学品开发、反应机理研究、设备设计、过程控制、工艺优化、辅助教学等领域,计算化学和计算化学工程的重要作用日益凸显。对于化学、应用化学、化工专业的学生和科研人员,熟练应用计算机解决学习、科研、 工作中面临的各种问题己成为必备的基本技能。
本门课程以实际应用例子为对象,在叙述和分析中将文献检索与管理、实验设计与数据处理、化学化工图形与图像处理、化学化工相关计算等内容紧密结合,通过学习,使学生应用计算机解决化学、化工领域一些常见问题的能力在实践中得到培养和提高,并对化学化工类常用软件有较好的了解和掌握,是化学类各专业的专业选修课程。

二、教学基本要求

1.课程重点:

Ø  掌握化学数据处理方式。主要让学生化学计量学主要内容。
Ø  掌握二维和三维化学绘图技术和科学制表技术。
Ø  了解量子化学计算基本原理。
Ø  了解分子力学计算基本原理。
Ø  掌握用计算机解决化学问题的方法和技巧。

2.课程难点:

Ø  数理统计在本课程中的应用。
Ø  亲自动手编程解决化学问题。

3.能力培养要求:

Ø  通过本课程学习,使学生对计算机在化学化工中的应用有较深入的认识和掌握,对计算机化学中的科研发展前沿领域有所了解,培养计算机化学的方法论,独立分析问题、解决问题。

三、教学学时与内容

绪论课,占用1学时;相关数学知识和计算机知识的复习,占用6学时;化学计量学相关的课程,占用11学时;化学图文设计,占用2学时;量子化学和分子模拟计算相关课程,占用10学时;最后有考查,占用2学时。具体如下:

1. 绪论 (理论课1学时,上机课0学时

Ø  了解计算机化学的研究对象、研究方法。
Ø  了解相关科研前沿。
Ø  了解本学科与专业及生产的关系。
Ø  掌握学习方法和要求。

2. 相关数学知识准备与计算机知识准备(理论课4学时,上机课2学时)

Ø  常微分方程与偏微分方程。
Ø  迭代法解方程。
Ø  矩阵运算。
Ø  数学模型简介。
Ø  Fortran简介。
Ø  Matlab简介。
Ø  SPSS简介。

3. 化学实验数据的采集、分析与计算(理论课2学时,上机课2学时)

Ø  数理统计与统计分析在化学中的应用。
Ø  简单相关分析。
Ø  相关关系与函数关系。
Ø  复相关分析。
Ø  化学中的典型相关分析案例。
Ø  用计算机进行化学实验数据处理。

4. 回归分析及应用(理论课1.5学时,上机课2学时)

Ø  回归分析在化学中的应用。
Ø  一元线性回归分析。
Ø  多元线性回复分析。
Ø  可以化简成多元线性回归的问题。
Ø  相关分析与回归分析的区别。
Ø  用计算机实现化学实验数据的回归分析。

5. 主成分分析及其在回归分析中的应用(理论课1.5学时,上机课2学时)

Ø  主成分分析在化学中的应用。
Ø  主成分回归。
Ø  偏最小二乘回归。
Ø  用计算机实现化学实验数据的主成分分析。

6. 化学图文设计(理论课0学时,上机课2学时)

Ø  绘制平面分子式。
Ø  搭建立体分子模型。
Ø  科学制表。
Ø  从表格到图像。

7. 量子化学计算简介(理论课4学时,上机课4学时)

Ø  量子化学计算简介。
Ø  分子构型的优化和振动频率简介。
Ø  分子电子结构与电子跃迁分析简介。
Ø  波函数分析简介。
Ø  量子化学模拟反应历程简介。

8. 分子模拟计算简介(理论课1学时,上机课1学时)

Ø  分子模拟原理简介。
Ø  分子力场简介。
Ø  分子动力学简介。

9. 考察(2学时)

Ø  在教师监督下,独立完成一份课程论文(用纸笔完成)或课程设计(在计算机上完成)。

四、考核方式

本课程采用考查课的考核方式。
Ø  平时成绩:平时作业与课堂互动,占50%。
Ø  课程论文或课程设计:俗称“大作业”,要求独立完成,占50%。

五、参考书

Ø  倪力军、张立国编,《基础化学计量学及其应用》,华东理工大学出版社,2011年出版。
Ø  聂长明、廖立夫主编,《计算化学》,北京理工大学出版社,2010年出版。
Ø  刘江燕、武书彬编,《化学图文设计与分子模拟计算》,华南理工大学出版社,2009年出版。
Ø  丛培盛、朱仲良、许新华、曹同成、柴晓兰编,《计算机化学》,化学工业出版社,2014年出版。
Ø  叶卫平主编,《Origin9.1科技绘图及数据分析》,机械工业出版社,2015年出版。
Ø  范波涛、张瑞生编,《计算机化学与分子设计》,高等教育出版社,2009年出版。
Ø  张若愚编,《Python科学计算》,清华大学出版社,2012年出版。
Ø  白海波编,《Fortran程序设计权威指南》,机械工业出版社,2013年出版。
Ø  张志刚、刘丽梅、朱婧、王兵团编,《Matlab与数学实验》,中国铁道出版社,2005年出版。

一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
四十岁拼命打创,五十岁回首一望,
六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
人生一世,匆匆忙忙,生得嘹亮,走得凄凉!
生活就像五味瓶,酸甜苦辣难消停!
该吃吃,该喝喝,遇事别去心里搁,
想哭哭,想笑笑,烦恼就往云外抛,
记住甜,忘掉苦,亲人朋友好相处,
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发表于 Post on 2016-4-22 09:00:06 | 只看该作者 Only view this author
内容好多。。是我们三门专选课的量,化学信息学,计算化学实验,计算机在化工中的应用

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发表于 Post on 2016-4-22 09:28:50 | 只看该作者 Only view this author
课程内容丰富但是重点感觉不太突出。
从大三学生的角度看,我觉得我会选这课,老师讲啥我听啥,没意见。

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发表于 Post on 2016-4-22 11:24:08 | 只看该作者 Only view this author
内容过多,学生恐怕掌握不了。MATLAB、SPSS应该不用讲

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发表于 Post on 2016-4-22 12:53:41 | 只看该作者 Only view this author
这门课很有必要开设,可以让化学类的学生初步掌握很多很有用处的相关知识和数据处理能力。也算是在本科阶段开阔眼界,为可能有兴趣做研究的学生们打一个比较全面的处理实际问题的基础。

指出一点语病:
在 1.课程重点的第一条内,“掌握化学数据处理方式。【主要让学生化学计量学主要内容。】 ”
是否应该是 “主要让学生掌握化学计量学的主要内容” ?


课程内容很丰富,不过按照这样安排下来,估计每个面都只能点到为止,不会太深入。毕竟大三还没有接触到科研的主要内容,作为一门专业选修课,一些铺垫的知识介绍和回顾(比如微分方程在《高等数学》里讲过,回归分析在计算机相关课程里讲过)还是有必要的,但是不应该作为考核的重点。

相关计算机知识准备这一节里,还应该先调查一下学生在计算机课程学习的是什么内容,比如学习过什么语言和软件之类的,尽量避免重复。

化学图文设计安排 2 学时的上机课是否有些多? 1学时完全可以讲完吧,而且后续的量子化学和分子模拟都会用到搭建分子模型的内容,算是反复练习化学图文设计的过程。

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发表于 Post on 2016-4-22 16:22:34 | 只看该作者 Only view this author
本科上过类似的课程,后来发现一点用也没有,完全用不上。
还不如讲一些QM/MM/MD的的基础,还有各大主流软件在文章中的应用。
例子来源于文献,重复文献中的结果,让学生学完之后,的的确确可以算一些东西,至少也应该看得懂别人算的东西。
重点是后面的应用部分!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 16:58:29 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
北纬18° 发表于 2016-4-22 16:22
本科上过类似的课程,后来发现一点用也没有,完全用不上。
还不如讲一些QM/MM/MD的的基础,还有各大主流软 ...

你知道的,我自己就是计算化学这一行的。我坚信我上这课肯定比非计算化学专业的人强!我保证!嗯!

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发表于 Post on 2016-4-22 18:06:13 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2016-4-22 16:58
你知道的,我自己就是计算化学这一行的。我坚信我上这课肯定比非计算化学专业的人强!我保证!嗯!

上完你的课能不能 重复jacs, angew等文献是关键

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发表于 Post on 2016-4-22 19:42:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zidu113 于 2016-4-22 19:50 编辑

内容太杂,个人感觉听完后,重点不突出。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 19:57:14 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
北纬18° 发表于 2016-4-22 18:06
上完你的课能不能 重复jacs, angew等文献是关键

这可是本科课程叶

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发表于 Post on 2016-4-22 20:09:48 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2016-4-22 19:57
这可是本科课程叶

重复文章主要是软件的操作,写输入文件和处理数据,并不需要太高深的理论知识,本科生完全可以做到的。
要是上完课不会重复结果,那不是白上了。过一段时间就全忘了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-23 21:12:07 | 只看该作者 Only view this author
北纬18° 发表于 2016-4-22 20:09
重复文章主要是软件的操作,写输入文件和处理数据,并不需要太高深的理论知识,本科生完全可以做到的。
...

切!跟我混两年,自己独立做计算,重复那些东西应该没啥太大问题吧。指望32学时的课?
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
四十岁拼命打创,五十岁回首一望,
六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
人生一世,匆匆忙忙,生得嘹亮,走得凄凉!
生活就像五味瓶,酸甜苦辣难消停!
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发表于 Post on 2016-4-24 01:21:02 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2016-4-23 21:12
切!跟我混两年,自己独立做计算,重复那些东西应该没啥太大问题吧。指望32学时的课?

两年?………
两个月还差不多。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-24 11:51:50 | 只看该作者 Only view this author
北纬18° 发表于 2016-4-24 01:21
两年?………
两个月还差不多。

我突然明白你说的是什么了!我先前理解错了。
你说的是:有个人告诉你要做什么性质的模拟(紫外?红外?核磁?荧光?……等等),告诉你要用什么方法和基组,告诉你应该怎么去计算,然后呢,你只管计算的操作,至于计算结果是不是合理的也不用你去管,是这样吗?
如果这样,8学时就够了。我在北科大就教这个,这是一个研究生课的一小部分内容,就8学时,讲述4学时上机4学时,让你在最短时间内学会Gaussian/gaussview的基本操作。
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
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发表于 Post on 2016-4-24 12:34:22 | 只看该作者 Only view this author
Excel,Origin和Chemdraw必须掌握,基本上做毕业论文都会用到,不是特别难,而且和具体的课题方向没太大关系,而是化学系学生普遍需要的基本软件技能。
至于理论化学的软件,则不是每位化学系学生都必须掌握。
以及有些软件需要较好数学功底,会增大学生负担,除非将来很可能用到,否则最好不要作为本课程主要内容。

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