求助：用make_ndx给分子中结构分组问题

Pown · 发表于 Post on 2020-5-28 15:52:44

请问，怎么用gmx make_ndx把一个分子中的某个结构或官能团单独归为一组，比如如何把单个分子中或整个系统中所有的苯环给分为一组？

我看之前帖子说把苯环相应的原子归为一组，这样可行吗，这样处理问题的话不还是以单个原子为单位，而不是以某个结构（比如苯环）为单位。

期待大家能够解惑！
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-28 18:47:01

根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

Pown · 发表于 Post on 2020-5-28 20:39:19

sobereva 发表于 2020-5-28 18:47
根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

明白了，谢谢老师

Masshiro · 发表于 Post on 2023-8-8 00:38:21

sobereva 发表于 2020-5-28 18:47
根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

sob老师您好，想请问下我已经按原子名称分好了两个组，是第5和第6个（分别对应受体A和给体D）：
  0 System             : 68000 atoms
  1 Other             : 68000 atoms
  2 MOL                : 68000 atoms
  3 r_1-16_r_42-50    :  1700 atoms
  4 a_1-16_a_42-50    : 25 atoms
  5 A                : 25000 atoms
  6 D                : 43000 atoms
想请问下要计算第5和第6组间的RDF，也就是D/A间的RDF，具体的命令要怎么写呢，我参考之前的博文试了以下的命令，但都出现了报错：
（1）gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -ref "res_com of resname A" -sel "res_com of resname D"
Error in user input: Selection 'res_com of resname A' never matches any atoms.
（2）gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -ref 'res_com of group D' -sel 'res_com of group A'
Inconsistency in user input:
Invalid index group reference(s)
  Cannot match 'group "D"', because no such index group can be found.
  Cannot match 'group "A"', because no such index group can be found.
谢谢sob老师的指点！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-8 01:55:31

Masshiro 发表于 2023-8-8 00:38
sob老师您好，想请问下我已经按原子名称分好了两个组，是第5和第6个（分别对应受体A和给体D）：
0 Sys ...

group "D"而非resname D

Masshiro · 发表于 Post on 2023-8-8 12:08:17

sobereva 发表于 2023-8-8 01:55
group "D"而非resname D

谢谢sob老师！
改成group、加上-n index.ndx，就可以成功算D/A间的RDF了（gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -n index.ndx -ref 'res_com of group D' -sel 'res_com of group A'）

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