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[GROMACS] 求助:周期性边界条件下分子质心的计算

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各位前辈及sob老师好:

        我想计算gromacs在PBC条件下轨迹的分子质心以便用于后续的距离分析,但是对于边界处的分子因为PBC的引入而造成断裂,想请教一下这种情况下该怎么写程序计算分子质心的坐标呢?如果用补全的分子计算的话,到底取哪部分做基准呢?如果得到的分子质心在盒子外呢?

真诚地谢谢各位老师~



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发表于 Post on 2020-10-2 23:25:42 | 只看该作者 Only view this author
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹,保持分子完整就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-3 15:03:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-2 23:25
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹,保持分子完整就行了

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-10-21 11:51:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀,我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的距离。我希望输出某一帧中每一个残基质心的位置,想请教一下应该使用哪个命令呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 12:34:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北京的大猫 于 2020-10-21 12:37 编辑
zhengyuchuan 发表于 2020-10-21 11:51
你好,想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀,我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的 ...

您好,我是用自己写的C语言代码处理的.残基质心的坐标公式r=sum{m(i)*r(i)}/sum{m(i)}, i 代表残基中的原子,另外,VMD据说也可以给出质心,不过我没有试过.
不知道该回答能不能帮到你.祝好运!

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发表于 Post on 2020-11-1 13:56:55 | 只看该作者 Only view this author
zhengyuchuan 发表于 2020-10-21 11:51
你好,想请教一下你是使用的什么命令计算的分子质心的位置呀,我看到gmx distance可以计算两个分子质心间的 ...

用VMD脚本最省事。在这个脚本基础上稍微一改就有了

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 20:57:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北京的大猫 于 2021-4-6 20:58 编辑
sobereva 发表于 2020-10-2 23:25
trjconv接-pbc mol处理一下轨迹,保持分子完整就行了

sob老师,最近关于gmx trjconv -pbc mol 和 -pbc res 的两个选项有个疑问, -mol 是处理分子的,-res 是对残基进行处理的,
对于采用itp文件构建力场参数来模拟小分子,我发现经过两个选项分别得到的pdb文件中的原子坐标是一样的.但对于采用rtp文件构建小分子的力场的方法,两个选项得到的原子坐标在某个方向会差一个盒子的长度,sob老师的讲义上说如果分子或者残基的质心越过盒子,就将分子或者残基移动到另一头,对于res和mol两种选项不应该得到的坐标一致吗?或者说在rtp下是不是该用res更为稳妥呢?
问题有点啰嗦,请sob老师见谅,谢谢sob老师.

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发表于 Post on 2021-4-6 21:03:55 | 只看该作者 Only view this author
北京的大猫 发表于 2021-4-6 20:57
sob老师,最近关于gmx trjconv -pbc mol 和 -pbc res 的两个选项有个疑问, -mol 是处理分子的,-res 是对残 ...

残基和分子的含义明显是不等同的
虽然往往一个残基也可以对应一个分子,但多个残基通过化学键相连,分子就是对整体而言的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-7 08:38:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北京的大猫 于 2021-4-7 09:01 编辑
sobereva 发表于 2021-4-6 21:03
残基和分子的含义明显是不等同的
虽然往往一个残基也可以对应一个分子,但多个残基通过化学键相连,分子 ...

谢谢sob老师,如果模拟小分子时,采用像模拟聚合物构建力场文件的方法,在rtp文件中添加残基名称,在其他力场文件中添加成键\非键参数,那么这时这个小分子就可以看做残基,在利用gmx进行数据后处理分析时(比如 gmx rdf)可以按残基方式,如果对小分子直接构建itp文件的方式来构建力场文件,这时可以看做一个完整的分子,可以使用mol这样类似的命令,不知道我理解对不对?
还是说,不论模拟时力场是怎样构建的,mol就是整体分子,res就是针对残基,所以在分析小分子时,应该采用mol这个参数?

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发表于 Post on 2021-4-8 01:12:08 | 只看该作者 Only view this author
北京的大猫 发表于 2021-4-7 08:38
谢谢sob老师,如果模拟小分子时,采用像模拟聚合物构建力场文件的方法,在rtp文件中添加残基名称,在其他力场 ...

mol就是整体分子,res就是针对残基。如果一个小分子对应一个独立的残基号,用res亦可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-8 09:08:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-8 01:12
mol就是整体分子,res就是针对残基。如果一个小分子对应一个独立的残基号,用res亦可

嗯嗯,谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2023-8-15 15:36:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-1 13:56
用VMD脚本最省事。在这个脚本基础上稍微一改就有了

sob老师,这个脚本是不没有考虑周期性边界条件的影响?
我想统计距离A分子质心一定范围内B分子的数量,但是发现vmd里没有选择分子质心的语句。只能自己计算质心 后统计,但是得到质心后又不清楚怎么考虑周期性边界条件,vmd的选择语句里是有within和pbwithin的,自己写脚本应该怎么实现呢?
希望sob老师能赐教。

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发表于 Post on 2023-8-16 07:42:05 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2023-8-15 15:36
sob老师,这个脚本是不没有考虑周期性边界条件的影响?
我想统计距离A分子质心一定范围内B分子的数量, ...

定义一个命令,用于计算两个坐标之间考虑周期性时的最近距离。比如B相对于A的最近距离,计算时就把B按照晶格矢在当前晶胞周围的26个方向分别移动一次然后计算与A的距离,取最小值
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