求助gromacs跑多聚体的粗粒化模型，单体有解离又快速结合的过程，这正常嘛？

Wey · 发表于 Post on 2023-8-16 15:52:14

本帖最后由 Wey 于 2023-8-18 15:39 编辑

多聚体整体还是只有AB链 RMSD数值的突然上升都是因为多聚体其中的一个或多个单体发生解离，但很快又会重新结合在多聚体，结合的位置也有可能发生变化。
周期性矫正用的是： gmx trjconv -s cgmd.tpr -f cgmd.trr -n index.ndx -o cgmd.trr -pbc mol -center
请各位老师帮我看一下，这种情况正常嘛？不正常的话，可能是哪里出现有问题？谢谢~

附件分别是输入文件，拓扑文件和输出设置的文件

修改：看到了社长大大的帖子，周期性矫正修改为-pbc cluster，只有AB两条链的RMSD没有突然的升高和降低了，但多聚体整体依然存在RMSD的突然变化，查找轨迹，发现多聚体在整条轨迹中并没有快速解离又结合的过程，取了连续的四帧构象：1和4的RMSD是3+(nm)，2和3的RMSD是7+(nm)，构象确实有较为明显的变化，那这种RMSD的突然的升高和降低可以算做正常嘛？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-16 16:28:00

可能是那个bond的力场参数有问题，也可能是你的步长太大。缺少模拟细节不好判断，你最好把拓扑文件和输入文件贴上来。

Wey · 发表于 Post on 2023-8-16 18:01:04

slxc920113 发表于 2023-8-16 16:28
可能是那个bond的力场参数有问题，也可能是你的步长太大。缺少模拟细节不好判断，你最好把拓扑文件和输入文 ...

已经按照您的建议上传了相关文件，请您帮忙看看可能是哪里出来问题呀

Wey · 发表于 Post on 2023-8-17 21:22:24

还请各位老师们帮我看看这种现象是否正常呀

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 05:39:46

这种突变几乎一定是由于PBC记录轨迹，分子突然从一头跳到另一头所致，结合轨迹进行判断

Wey · 发表于 Post on 2023-8-18 15:38:35

sobereva 发表于 2023-8-18 05:39
这种突变几乎一定是由于PBC记录轨迹，分子突然从一头跳到另一头所致，结合轨迹进行判断

谢谢您的回复！我仔细查看了轨迹。确实是因为分子从一头体跳到另一头造成了RMSD的突变，这种突变是否合理呢？如果不合理，该如何修改呀

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 15:48:21

Wey 发表于 2023-8-18 15:38
谢谢您的回复！我仔细查看了轨迹。确实是因为分子从一头体跳到另一头造成了RMSD的突变，这种突变是否合理 ...

考虑PBC记录轨迹，本来就该这样

Wey · 发表于 Post on 2023-8-18 16:27:44

sobereva 发表于 2023-8-18 15:48
考虑PBC记录轨迹，本来就该这样

好的！谢谢sob老师

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