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[蛋白质建模] 求助请教一下PyMOL中如何通过晶体学对称产生其他亚基

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      各位老师和前辈,打扰了,目前我研究的蛋白(8ayz.pdb,https://www.pdbus.org/structure/8AYZ)在一个不对称单位中只有一个拷贝,但实际上它有60个拷贝,如下图。请问在PyMOL中输入什么命令可以将一个拷贝变成60个拷贝?非常感谢!

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1个拷贝

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60个拷贝

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发表于 Post on 2023-8-3 16:39:46 | 只看该作者 Only view this author
不是有晶体结构吗?去RSCB-下载页面选择-biological assembly

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发表于 Post on 2023-8-3 17:50:07 | 只看该作者 Only view this author
直接下载完整结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 21:39:57 | 只看该作者 Only view this author
abdoman 发表于 2023-8-3 16:39
不是有晶体结构吗?去RSCB-下载页面选择-biological assembly

谢谢谢谢!以前不知道这个。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 21:41:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-3 17:50
直接下载完整结构

嗯嗯!非常感谢sob老师! 提供的附图非常清楚。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 22:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-3 17:50
直接下载完整结构

Sob老师,再请教一下,按您的指点,我把Biological Assembly的PDB下载下来了,但用PyMOL查看,发现它把60个拷贝分成了60 states,一次只能看到一个拷贝,请问如何能看到60个拷贝装配成的颗粒呢?

pymol.png (34.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-3 22:36:42 | 只看该作者 Only view this author
abdoman 发表于 2023-8-3 16:39
不是有晶体结构吗?去RSCB-下载页面选择-biological assembly

Biological assembly里把60个拷贝分成了PyMOL中的60个states,咋弄呢?还望进一步指教!谢谢!

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发表于 Post on 2023-8-4 00:32:50 | 只看该作者 Only view this author
charmm36 发表于 2023-8-3 22:33
Sob老师,再请教一下,按您的指点,我把Biological Assembly的PDB下载下来了,但用PyMOL查看,发现它把60 ...

自己修改pdb文件,把切分成不同的帧的字段去掉。如果用VMD看,还可以直接把所有帧的结构同时叠加显示出来。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-4 09:08:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-4 00:32
自己修改pdb文件,把切分成不同的帧的字段去掉。如果用VMD看,还可以直接把所有帧的结构同时叠加显示出来 ...

懂了。好的,谢谢Sob老师!

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发表于 Post on 2023-8-16 23:25:44 | 只看该作者 Only view this author
charmm36 发表于 2023-8-3 22:36
Biological assembly里把60个拷贝分成了PyMOL中的60个states,咋弄呢?还望进一步指教!谢谢!

pymol里面 split_states 可以直接把60个states 转换成60个对象。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-21 22:50:03 | 只看该作者 Only view this author
abdoman 发表于 2023-8-16 23:25
pymol里面 split_states 可以直接把60个states 转换成60个对象。

受教了 ,谢谢

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