关于gromacs初速度设置的问题

王采岑

在群里问过了，但还是有些问题不能明了，望老师们解答
关于初速度设置有3个参数：
gen_vel  = yes  
gen_temp = 300
gen_seed = -1
问题1：如上设置的含义是grompp在300K的Maxwell分布上随机生成初速度，每次生成的初速度不一样。理解是否正确？
问题2：当gen_vel=no时，下面两个参数不管怎么设置都将对模拟过程不产生影响？只有yes的时候有影响？
问题3：当gen_vel=no时，不生成随机初速度，那速度怎么来的呢？是否是因为随着温度的上升，动能变大，为吸收过剩的动能而产生的速度呢？
问题4：什么时候gen_vel用no，什么时候用yes？用yes的时候，temp怎么设置呢？是否和热浴的温度一样？
才开始自学gromacs，很多东西还不清不楚的，谢谢老师

wuzhiyi

问题1：如上设置的含义是grompp在300K的Maxwell分布上随机生成初速度，每次生成的初速度不一样。理解是否正确？
是
问题2：当gen_vel=no时，下面两个参数不管怎么设置都将对模拟过程不产生影响？只有yes的时候有影响？
是
问题3：当gen_vel=no时，不生成随机初速度，那速度怎么来的呢？是否是因为随着温度的上升，动能变大，为吸收过剩的动能而产生的速度呢？
速度由你的热浴生成，
问题4：什么时候gen_vel用no，什么时候用yes？
没有速度的时候 生成速度 已经有速度的时候 用已有的速度
用yes的时候，temp怎么设置呢？是否和热浴的温度一样？
是

王采岑

wuzhiyi 发表于 2021-4-13 21:54
问题1：如上设置的含义是grompp在300K的Maxwell分布上随机生成初速度，每次生成的初速度不一样。理解是否正 ...

好的好的，太感谢了

MilesYYh

wuzhiyi 发表于 2021-4-13 21:54
问题1：如上设置的含义是grompp在300K的Maxwell分布上随机生成初速度，每次生成的初速度不一样。理解是否正 ...

您好，有个疑惑，看很多论文中都说到跑了多组平行模拟，如”Three MD simulations with random initial velocities were conducted“，那这里的做法是指在成品模拟（以gmx为例）时将gen_vel设置为yes吗（一般情况下设置为no，原因同后面一句话）？ 但是使用gmx 时命令不是会传入上一步的重启文件吗，然后从这里读取初始速度。

或者要怎么实现这种”Three MD simulations with random initial velocities were conducted“呢？还是说是直接从一开始就单独各自跑em、nvt等。