求助：将小分子生成itp后，同时生成的pbd文件和小分子结构不一样

jiecccccc · 发表于 Post on 2023-8-29 18:40:06

本帖最后由 jiecccccc 于 2023-8-29 18:45 编辑

问题是这样的，我想通过sobtop生成一个小分子的itp文件用于分子动力学模拟，但是发现同时生成的pdb文件展示的结构有错误。我的小分子是一个羟胺基苯，在chemdraw3d上输出mol2文件用于sobtop，但通过sobtop生成的pdb文件中发现结构不再显示出芳香性，同时我也用acpype计算了，发现pdb文件也没有展示出苯环的芳香性。但同时我发现，pdb文件的原子数目没有改变，我是刚刚入门计算化学，我不清楚这是不是一个正常的事情。烦请大神解答（附件是生成itp同时的pdb文件和电荷计算前的chemdraw文件）

pal · 发表于 Post on 2023-8-29 19:19:37

你说的芳香性是说可视化之后苯环里的虚线么，看看就好，没啥意义

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-30 00:26:57

结构是结构，取决于几何坐标。这跟可视化程序显示的成键关系是两码事。好好看下文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

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[Sobtop] 求助：将小分子生成itp后，同时生成的pbd文件和小分子结构不一样

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