F(i,j)如何查看或者计算

123qwertybobo

#p m062x/cc-pvdz scrf=(solvent=acetonitrile,pcm) geom=connectivity pop=(full,nboread) iop(5/33=3)


$nbo
bndidx
NBOSUM
plot file=NBO
archive=NBO
$end

加了这些关键字，也出现了所谓的Fock Matrix的 Fock matrix (alpha)，Fock matrix (beta)，随便找了一个列在表里（Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis）的F（i，j）也对不上，他们的关系是什么？F（i，j）=0.5*对应的Fock matrix (alpha)=0.5*对应的Fock matrix (beta)好像不对，手册琢磨了半天也没看懂。哎


比如17. BD (   1) C  10 - H  11        /382. BD*(   1) C  10 - C  23            0.59kcal/mol    1.04 a.u.    0.022 a.u.    第三个a.u.是 F（i,j）
而在 Fock matrix (alpha)对应的17,382=0.202849D-3, Fock matrix (alpha)对应的17,382=0.202588D-3,



log文件太大了。。200M，就传了个源文件。

欢迎大家讨论。。。

liyuanhe211

5/33=3输出的是正常的fock，和NBO没关系
NBO关键词“FNBO”可以输出fock（注意不是Gaussian的关键词）

123qwertybobo

liyuanhe211 发表于 2016-8-19 22:11
5/33=3输出的是正常的fock，和NBO没关系
NBO关键词“FNBO”可以输出fock（注意不是Gaussian的关键词）

就是在$nbo和$end之间吧，我试试，因为之前试过了加其他的，200M的log，看的我心灰意冷的。。先谢谢了

liyuanhe211

123qwertybobo 发表于 2016-8-20 11:19
就是在$nbo和$end之间吧，我试试，因为之前试过了加其他的，200M的log，看的我心灰意冷的。。先谢谢了

IOp手册[5/33=3]特意警告你输出会超级多

123qwertybobo

liyuanhe211 发表于 2016-8-21 17:26
IOp手册[5/33=3]特意警告你输出会超级多

对啊，对啊，，李老师再问个问题，E(2)=qi/(Ej-Ei)*（Fi,j）^2单位咋换算kcal/mol？我试过直接nbo算出来的能量kcal/mol和E(2)=qi/(Ej-Ei)*（Fi,j）^2直接算出来的数值相除，得到的值似乎都不太一样。。您能详解一下么？谢谢

sobereva

123qwertybobo 发表于 2016-8-23 20:03
对啊，对啊，，李老师再问个问题，E(2)=qi/(Ej-Ei)*（Fi,j）^2单位咋换算kcal/mol？我试过直接nbo算 ...

例：
Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis

     Threshold for printing:   0.50 kcal/mol
                                                                              E(2)  E(j)-E(i) F(i,j)
         Donor NBO (i)                     Acceptor NBO (j)                 kcal/mol   a.u.    a.u.
===================================================================================================

within unit  1
   1. BD (   1) C   1 - H   2        / 10. BD*(   1) C   1 - H   3            1.93    1.35    0.046
   1. BD (   1) C   1 - H   2        / 11. BD*(   1) C   1 - O   4            1.67    1.62    0.046
   2. BD (   1) C   1 - H   3        /  9. BD*(   1) C   1 - H   2            1.93    1.35    0.046

其中第一项
-2*0.046**2/1.35*627.51=-1.967
和输出的一致。微小差异是有效数字的原因。

123qwertybobo

sobereva 发表于 2016-8-24 10:27
例：
Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis

16. BD (   1) C  10 - H  11        /387. BD*(   2) C  14 - C  21            0.72    0.63    0.021 这个算出了0.88kcal/mol和0.72kcal/mol差太多了
这个明显不对呢。。。我把我的log文件对了一遍，发现大部分没问题，有极个别误差能到达90kcal/mol以上...不晓得什么原因

sobereva

123qwertybobo 发表于 2016-8-25 14:45
16. BD (   1) C  10 - H  11        /387. BD*(   2) C  14 - C  21            0.72    0.63    0.021  ...

这种小于1kcal/mol的根本就可以无视。
如果非要验证，就通过高精度输出的fock矩阵元和NBO能量差来自行计算