求助：Parrinello-Rahman压浴的使用

藤井树

各位前辈及sob老师好，我算是自学了两个月的GROMACS，最近几天在使用P-R压浴过程中遇到一些困难，希望得到大家的帮助：

    我的体系是有机小分子与主体掺杂体系，其中有机小分子含有B原子，因此用sobtop产生了top文件，其中B原子用UFF力场参数，其他原子用GAFF力场参数，用packmol进行初始建模,共约三十个分子，其中只有一个有机小分子。之前已经进行了em-npt-md过程，其中npt用V-rescale恒温器、Berendsen恒压器在300k、1bar条件下预平衡，而后用相同的条件成品模拟50ns，观察RMSD以及密度变化已经平稳。（之前模拟成功应该可以说明top文件是没有问题的）

  考虑到Parrinello-Rahman 压力耦合理论上可以给出真正的NPT系综，因此想在成品模拟时运用P-R压浴方法，但经过查询并多种尝试，模拟始终中断，中断表现有：

1.任务直接掉了，同时产生一些stepxxxxx.pdb文件。同时查看log文件中“Warning: Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.”

2.任务终止，log文件最后显示“An atom moved too far between two domain decomposition steps. This usually means that your system is not well equilibrated.”

  已经进行的尝试如下：（其中只有成品模拟中的恒压器才更改为P-R）

1.  em-nvt-npt-md

2.  em-nvt-npt-nvt -md

3.  在原本模拟完50ns的情况下，以tau_p = 5 进行模拟

4.  减少核数

我看了模拟过程中体积的变化，都是振荡导致失控，学生难以解决问题，因此向各位老师求助。

sobereva

记得续跑时必须延续之前最终状态的速度信息

也可以尝试用gmx 2021开始支持的stochastic cell rescaling压浴

藤井树

sobereva 发表于 2023-9-8 01:41
记得续跑时必须延续之前最终状态的速度信息

也可以尝试用gmx 2021开始支持的stochastic cell rescaling ...

sob老师您好，感谢您的回复，您辛苦了！
1.每一步的续跑我都是用的前一步的 gro 文件的，我检查过确实都是含有速度信息。所使用的命令行如下：
gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex.gro -p topol.top -o em.tpr
ifmcgmx em 4
qsub em.sge
2.老师抱歉，由于使用的是学校的计算平台，服务器上只有 gromacs2018.4，自己本身不太懂 Linux 语法，因此可能无法实现。（感谢您的建议）
ps：老师，我昨天又查询了一些资料/帖子，在我将最终的 md 过程 dt 改为 1fs 之后，昨晚模拟顺利完成，目前流程为：
em(steep) -em(cg) -nvt(300ps) -npt(10ns) -nvt2(5ns) -md(50ns)
其中预平衡以 2fs，V-rescale 恒温，berendsen 恒压；成品模拟用 1fs，V-rescale 恒温，P-R 恒压。

老师我想问的是，由于我需保持多个体系（仅更换其中的主体分子）模拟条件相同，是否有什么更简洁的模拟过程，或是更可靠的模拟过程？

sobereva

藤井树 发表于 2023-9-8 08:43
sob老师您好，感谢您的回复，您辛苦了！
1.每一步的续跑我都是用的前一步的 gro 文件的，我检查过确实都 ...

尝试PR压浴1fs步长跑一阵子之后，切换成2fs续跑，应该能续跑成功

藤井树

sobereva 发表于 2023-9-8 14:41
尝试PR压浴1fs步长跑一阵子之后，切换成2fs续跑，应该能续跑成功

好的，谢谢sob老师