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[GROMACS] 求助水溶液中离子穿过mxene膜体系em过程出错,实在不明白是什么原因

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我做水溶液中离子穿过mxene膜的分子动力学模拟,建好膜模型之后根据盒子的xy方向大小生成了两种离子浓度的溶液盒子,在分别em之后把他们拼起来,但是发现拼起来的体系em过程就出现了错误:Fatal error:
DD cell 1 0 0 could only obtain 58 of the 69 atoms that are connected via
constraints from the neighboring cells. This probably means your constraint
lengths are too long compared to the domain decomposition cell size. Decrease
the number of domain decomposition grid cells or lincs-order.
后面附上了我的mdp、top和gro文件(gro文件压缩了一下)

后面我去找原因看是哪部分出了问题,我用膜+上层溶液、膜+下层溶液分别em,发现膜+下层溶液就会出错,然后我对膜+下层溶液继续简化,发现简化到只剩水溶液之后都还出现上面的错误,我对比生成的溶液盒子和从膜+下层溶液简化到只剩水溶液后的盒子,两者只存在盒子z方向大小的不同(如下图),但是z大的跑em就会出现上面那个错误,这是为什么呢?要怎么解决这个问题?



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202309071104305838..png

model1.top

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2#
发表于 Post on 2023-9-8 00:37:57 | 只看该作者 Only view this author
尝试纯靠OpenMP并行,避免用thread-MPI。
以及尝试把top文件尽可能简化,去掉能去的,并且确保[molecules]里和结构文件对应
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