如何从轨迹里提取某几帧整合成xyz文件

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-17 11:01:40

各位老师好，我有一个含1000帧结构的xyz文件，我想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17，36.....）出来整合成xyz应该怎么做呢？如果用VMD的save coordiantes将所需的每一帧单独保存成xyz再手动合并的话感觉帧数多了工作量会很大，想请教各位老师有什么比较好的方法推荐？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-17 11:19:40

自己写VMD tcl脚本，利用atomselect对象的writexyz命令保存xyz文件

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-17 15:30:36

sobereva 发表于 2023-5-17 11:19
自己写VMD tcl脚本，利用atomselect对象的writexyz命令保存xyz文件

谢谢老师解答，我刚刚看了下tcl部分介绍，知道下面这样写是提取第一帧结构（不知道有没有理解错），但是我不清楚多帧整合在一起是用什么关键词，希望老师指点一下。
set sel [atomselect top "all"]
set F1 [$sel frame 1]
$F1 writexyz combine.xyz

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-17 16:21:49

sobereva 发表于 2023-5-17 11:19
自己写VMD tcl脚本，利用atomselect对象的writexyz命令保存xyz文件

啊啊老师，刚刚那样写是错的，我已经搞明白弄好了！谢谢老师指点。

chenzikang715 · 发表于 Post on 2023-9-11 21:20:48

shenmh3 发表于 2023-5-17 16:21
啊啊老师，刚刚那样写是错的，我已经搞明白弄好了！谢谢老师指点。

你好请问脚本可以分享一下吗

linzz · 发表于 Post on 2023-9-12 08:34:11

如果是简单的xyz格式的话可以直接用python或别的语言写个脚本把你想要的坐标提取出来就好了。

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[综合交流] 如何从轨迹里提取某几帧整合成xyz文件

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