使用势能面扫描找Mo2活化N2的过渡态和中间体初始构型的问题

发奋的尔且 · 发表于 Post on 2023-9-11 18:50:33

老师们好，我在复现一篇文献里使用势能面扫描寻找Mo2活化N2的中间体和过渡态时出现了一些问题:
1.他文献中说用的势能面扫描找出了过渡态初始构型，他一共找出了5个，我不懂他是可以直接用势能面扫描找出所有过渡态的初始构型的嘛？我这儿通过缩短Mo,N键长找出一个还是报错的。
2.像这种中间有很多过渡态和中间体的，我在不知道他具体的反应机理前，如何确定他会经历几个过渡态？是只能凭借化学直觉吗？下面图分别是我的输入出文件，输入文件和文献里面的反应机理。
非常感谢老师们的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 19:52:26

如果能明确预感反应过程中的发生显著变化的关键的几何变量，就可以对其试图通过扫描找过渡态初猜

一般凭化学直觉。也有些方法可以根据极小点结构自动把与之连通的过渡态找出来，但在主流量化程序里不直接支持，也没有广泛流行
实际上像当前这么简单的体系，也可以用molclus+genmer做构型搜索，把各种极小点结构找出来，之后再去自己摆过渡态初猜或者QST2之类找它们之间的过渡态，会更容易。
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

发奋的尔且 · 发表于 Post on 2023-9-14 13:12:47

谢谢老师

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[综合交流] 使用势能面扫描找Mo2活化N2的过渡态和中间体初始构型的问题