有机小分子水吸附位点和数量的判断

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-9-14 21:07:34

各位老师好我想说明一个有机分子具有补水的特征，现在做出了分子表面静电势图以及其极大值极小值图，要在分子周围放置水分子，看哪个位点吸附更强。但是不知道放几个以及放置的位置，老师有没有好的建议。在绝对值相对大的极大值和极小点的位置放置水分子，这个思路可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 21:20:00

放几个取决于你的具体研究目的

假设就放一个，水分子和羧基部分形成氢键的结构大概率是最稳定结构。你可以自己摆各种可能的初猜，而用genmer+molclus做二聚体构型搜索得到最严格的结果（结合多个水也可以这么搜索多聚体）
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-9-14 21:32:26

sobereva 发表于 2023-9-14 21:20
放几个取决于你的具体研究目的

假设就放一个，水分子和羧基部分形成氢键的结构大概率是最稳定结构。你可 ...

老师，我想研究该分子的补水特性，因为观察到极大点有两个40kcal以上，可吸附水分子的氧，极大点有一个40kcal以上，可吸附水分子的H，所以放三个水分子，用genmer+molclus产生二十个构象，挑能量最低的构象去讨论（感觉能量最低的构象，水分子应该在这三个极大值极小值附近），这个思路可以吗？如果三个水分子+这个有机分子，20个构象少不少？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 22:38:18

赤赤媛发表于 2023-9-14 21:32
老师，我想研究该分子的补水特性，因为观察到极大点有两个40kcal以上，可吸附水分子的氧，极大点有一个40 ...

单位是kcal/mol

你这个体系至少能跟水形成5个氢键

对于考虑吸附三个水的情况，结合xtb初筛时至少考虑50个构型，本来调用xtb做预优化的耗时就极低，没必要那么吝啬

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-9-15 10:12:28

sobereva 发表于 2023-9-14 22:38
单位是kcal/mol

你这个体系至少能跟水形成5个氢键

好的，非常感谢老师指导

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[新手求助] 有机小分子水吸附位点和数量的判断