计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1516|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gmx_MMPBSA适用的力场

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

145

eV
积分
159

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
求问gmx_MMPBSA是否适用于Charmm+GAFF蛋白+配体的动力学模拟结果计算,配体使用Multiwfn+ORCA+sobtop计算,蛋白力场为charmm36_ljpme-jul2021.ff

69

帖子

0

威望

1444

eV
积分
1513

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2023-9-25 01:03:49 | 只看该作者 Only view this author
一般Charmm要和CGenff一起用。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-9-25 01:37:23 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “mx_MMPBSA适用力场” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-9-25 01:38:54 | 只看该作者 Only view this author
“Charmm+GAFF蛋白+配体” 语义不明
GAFF又不是用于描述蛋白的

如果你指CHARMM用于蛋白、GAFF用于配体,完全不兼容,没有任何理由配体用GAFF时蛋白不用AMBER
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

145

eV
积分
159

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-25 10:21:12 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2023-9-25 01:03
一般Charmm要和CGenff一起用。

好的,感谢指点

14

帖子

0

威望

145

eV
积分
159

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-25 10:24:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CCCCCC921 于 2023-9-25 15:25 编辑
sobereva 发表于 2023-9-25 01:38
“Charmm+GAFF蛋白+配体” 语义不明
GAFF又不是用于描述蛋白的

谢谢老师,我的受体是蛋白,请问有推荐的Amber力场版本吗,以便于后续可以成功进行gmx_MMPBSA分析,我看有很多种,不是很D:\postgraduate\云端文件下载过渡文件夹\微信图片_20230925093559.png确定

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-9-25 11:19:43 | 只看该作者 Only view this author
CCCCCC921 发表于 2023-9-25 10:24
谢谢老师,我的受体是蛋白,请问有推荐的Amber力场版本吗,以便于后续可以成功进行gmx_MMPBSA分析,我看 ...

上传图片方式不对,仔细看置顶的社员必读贴

对于GROMACS用户,建议AMBER14SB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

145

eV
积分
159

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-25 15:26:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-25 11:19
上传图片方式不对,仔细看置顶的社员必读贴

对于GROMACS用户,建议AMBER14SB

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 02:11 , Processed in 0.162929 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list