把Multiwfn产生的输入文件结构载入GV体系没完全在盒子里正常吗？

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2024-9-5 20:18:53

本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2024-9-5 22:03 编辑

我把图1的结构载入Multiwfn中产生了用于cp2k计算的inp文件。主要设置了计算任务结构优化（非变胞），k点，smearing，色散校正以及周期性一维的，其他没动。产生inp后，把其中的坐标信息和盒子的边长信息复制到gij文件中保存，然后把这个文件载入到GV里，发现体系结构有一部分没在盒子里（图2），想问一下为什么没在盒子里？这个inp能用来计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 21:23:21

问题不完整，完全不知道你在Multiwfn里载入了什么文件具体怎么产生的什么输出文件

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2024-9-5 22:04:39

sobereva 发表于 2024-9-5 21:23
问题不完整，完全不知道你在Multiwfn里载入了什么文件具体怎么产生的什么输出文件

在网上求助计算化学问 ...

不好意思，已经重新编辑问题

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-6 00:14:52

我不晓得你在Multiwfn里具体输入了什么。我用目前最新版Multiwfn载入你的before.gjf，在CP2K输入文件产生界面里把周期性设为Z，直接保存新的inp文件。再用Multiwfn打开此inp文件，进主功能0，可见所有原子都在盒子里

对于PSOLVER PERIODIC的情况，原子在盒子外没有任何问题。

你若想把体系放在盒子中央也可以，下文说了有相应功能
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2024-9-6 11:00:33

sobereva 发表于 2024-9-6 00:14
我不晓得你在Multiwfn里具体输入了什么。我用目前最新版Multiwfn载入你的before.gjf，在CP2K输入文件产生界 ...

谢谢老师，重新弄了一下，跟您显示的一样了，不知道错按了什么

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[CP2K] 把Multiwfn产生的输入文件结构载入GV体系没完全在盒子里正常吗？