伞形采样和元动力学计算的势垒有差异

aw10279 · 发表于 Post on 2023-9-19 09:30:46

本帖最后由 aw10279 于 2023-9-19 09:31 编辑

我对小分子经过某一通道进入活性位点这一过程分别用伞形采样和元动力学两种增强采样方法进行模拟，最后得到的势能曲线取1.3nm-0.4nm这部分考察，发现有较显著的差异，元动力学的最大势垒比伞形采样高了10kcal/mol左右。这个过程实验已验证可自发进行，所以势垒应该不会很高。想问下就曲线和势垒数值来讲，哪一种方法的结果更为可信？

第一幅为伞形采样，第二幅为元动力学

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-9-19 11:28:13

小分子进入靶点的自由能计算是很难的，你两个模拟都没有收敛

最低可以接受的方法是funnel metadynamics，讲究点的话要做基于六自由度和几何路径的PMF计算

aw10279 · 发表于 Post on 2023-9-19 14:02:32

本帖最后由 aw10279 于 2023-9-19 16:33 编辑

fhh2626 发表于 2023-9-19 11:28
小分子进入靶点的自由能计算是很难的，你两个模拟都没有收敛

最低可以接受的方法是funnel metadynamics ...

谢谢付老师的回复，想请教一下，图中曲线的哪些特征显示模拟没有收敛，如果收敛的话曲线应该有怎样的特征？伞形采样我是用gromacs本身的拉伸模拟确定路径-窗口采样流程，这个流程该如何判断收敛情况呢？
另外我主要想研究的是一个水分子从通道中穿过时的自由能变化，对最终进入后的结合构象不做考察，这样对收敛程度会不会放宽一些？

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[GROMACS] 伞形采样和元动力学计算的势垒有差异